一般来说，按需要比例将EM菌原液兑水稀释后喷洒水面及处理饵料投喂。  1、四大家鱼应用EM菌原液的方法  
① 池塘处理：池塘注水前1周，用100－300倍的EM菌原液稀释液和EM菌原液制作的防虫液代替石灰、漂白粉等均匀喷洒，消毒和净化池塘。 2.5公斤EM益生菌菌液/亩。 
② 水质净化：在放养前3－10天，用EM菌原液稀释液泼洒水面。视水质情况，开始15天1次，以后为1个月1次，水质较差的地方，适当缩短泼洒时间，为了均匀喷施，先将EM菌原液稀释后使用（下雨时喷洒效果最佳）。 1.5米以下1公斤菌液/亩。 
③ 鱼饲料的处理：由于鱼饲料为颗粒状，可用50-200倍的EM菌原液稀释液喷洒饵料，喷湿为度，马上投喂，以免散开。  
④ 有机肥和粪便的处理：要投入水体的有机肥（青草液肥）和粪便应先用EM菌原液处理，5公斤菌液/吨粪便。发酵7天后方可投入水面。 
⑤ 鱼病防治：如出现鱼浮头和泛塘现象，可用EM菌原液稀释液均匀泼洒水面，3－5小时可好转，鱼恢复正常。此后可隔1－2天再泼1－2次。个别的真菌性鱼病、细菌性肠炎、烂鳃病、打印病等可将病鱼涝出，用EM菌原液10－50倍直接涂擦病灶，也可用EM菌原液100－150倍稀释液浸泡病鱼（直到鱼出现轻微浮头止），几天后即可痊愈。   
 2、大型湖泊、水库的网箱养鱼使用EM菌原液的方法   
① 放养前处理：鱼种放养前应对养殖水面进行清塘，清塘时，用EM菌原液制成的防虫液兑水50－100倍直接泼洒凶猛性鱼类或野杂鱼的产卵场，破坏其繁殖生长环境，控制其群体数量。  
② 用EM菌原液发酵饲料饲喂，也可参照四大家鱼饲料处理的方法。  ③ 用海绵等蜂窝状的物体在红糖和EM菌原液的混合液（10倍左右）中浸泡24小时，再悬挂在网箱中间，通过鱼儿的游动使EM菌原液不断地扩散，EM菌原液悬挂物7天左右更换1次，可以使网箱的水体环境完全改观。  
④ 用EM菌原液1：EM菌原液发酵料2：黄泥土4做成很有粘性的团快，重量为每个1－1.5斤，晾干后，在投饵料附近采取挂袋、挂篓的方法，使EM菌原液有益菌有一个固定居所而提高净化作用，从而改善和稳定水质，此团块一个月更换1次。每亩放10－15个。  
3、特种水产（对虾、甲鱼、鳗鱼、桂鱼等）应用EM菌原液的方法  
① 环境处理：在池塘放水前1周，用10倍的EM菌原液稀释液和EM菌原液制作的防虫液代替石灰及漂白粉等均匀喷洒净化环境。   2.5公斤菌液/亩。 放养前3－6天，用100倍的EM菌原液稀释液泼洒水面（EM菌原液用量视水质情况，一般1.5米以下1公斤菌液/亩），水质较差的地方应适当缩短泼洒时间。水质以绿色为好。  
② 调节水质的方法（鳗池）：1天2次高密度换水的水池，就不宜直接均匀泼入，而应泼在增氧机边或进水口，使EM菌原液微生物不断流动扩散，以利在最短时间内分解有害物质、下脚料和达到尽快稳定水质。土塘海水养鳗则宜在每次换水后泼洒EM菌原液稀释液1-2公斤菌液。  
③ 鱼饲料的加工：把EM菌原液加清水兑成100倍稀释液以后，与粉状的饲料一起搅拌均匀，成团状饲喂。水分含量约在40－55%（水分多少随饲料的干湿程度而定）。投喂新鲜动物性饲料的甲鱼池，可先把饲喂料铰碎后，与人工配合饲料、EM菌原液100倍稀释液一起搅拌均匀饲喂。  
④ 食台处理：每次投饲前要检查食台，用200－500倍的EM菌原液稀释液净化食台、清扫食台残饲。  
⑤ 饲料加工处理：用200－500倍的EM菌原液稀释液均匀喷洒和清洗搅拌机等工具、地面及四周墙壁，以保证饵料卫生。  4、保鲜  
在水产品的保鲜水槽里，每隔1－2天喷洒一次1000倍的EM菌原液稀释液，可有效延长水产活鲜期和保持皮色（磷）光洁喜人。 

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