加载中…ChIP最后的PCR需要注意的问题
(2016-06-24 22:02:42)
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chipchip染色质免疫共沉淀免疫共沉淀染色质染色质免疫共沉淀服务 |
分类： ChIP染色质免疫共沉淀 |
1. ChIP
实验最后免疫沉淀后得到的模板用酚：氯仿或者PCR纯化试剂盒提取都行的，但浓度一般都不会太高，通常在十几到几十ng/uL之间，因为浓度太低，所以纯度（吸光值260:280）也不能准确地测取。最重要的是阳性对照要能在PCR后检查到明显的条带。
2. PCR引物设计一般退火温度要相近，分别位于基因组上靶序列上下游各50~150bp左右，最好使靶序列位于PCR产物链的中间位置。正如上面这位同仁所说，PCR产物不能太大（<250bp）。最重要的就是要先用genome DNA和Input验证过，这对引物在PCR体系是能够扩出条带的。另外就是因为Chip得到的产物会比较少，所以一般PCR的循环数要有保证，一般都在30个循环以上（35~45，根据具体结合能力而定）。
3. 关于PCR，要注意的是，扩增片段不能太长，一般应小于200bp，因为基因组经超声处理后会断裂成比较小的片段（200到500bp）。
2. PCR引物设计一般退火温度要相近，分别位于基因组上靶序列上下游各50~150bp左右，最好使靶序列位于PCR产物链的中间位置。正如上面这位同仁所说，PCR产物不能太大（<250bp）。最重要的就是要先用genome DNA和Input验证过，这对引物在PCR体系是能够扩出条带的。另外就是因为Chip得到的产物会比较少，所以一般PCR的循环数要有保证，一般都在30个循环以上（35~45，根据具体结合能力而定）。
3. 关于PCR，要注意的是，扩增片段不能太长，一般应小于200bp，因为基因组经超声处理后会断裂成比较小的片段（200到500bp）。
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