加载中…按照染色体分割基因组
(2017-02-24 09:20:20)| 分类： 生物信息 |
有时会需要把基因组按照染色体单独切割出来，或者需要把基因组染色体排序。
hg19的基因组是以chr10开始的，有时候不太方便。
实现的方法有很多种，这里简单贴上2种。
1）perl脚本
my $DNA=;
$DNA=~m/(.+)/;
my $name=$1;
open(OUT,">$name.fa")||die("can not
open");
$DNA=~m/(.+)>/s;
my $result=$1;
print OUT ">$result";
echo chr${i}.fa
cat chr${i}.fa >> new-hg19.fa
awk "/^>/{if(/chrY/){a=0}else{a=1}}{if(a==0)print}" hg19.fa > chrY.fa
这里如果提取chr1，chr2等的话，因为匹配原因会多提取比如chr10、chr11等染色体，所以chr1和chr2需要特殊对待。
hg19的基因组是以chr10开始的，有时候不太方便。
实现的方法有很多种，这里简单贴上2种。
1）perl脚本
#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;
use utf8;
open(IN,"/pool/storage/bgi/test2/moruikang/hg19/hg19.fa")||die("can
not open");
$/=">";
for(my $i=0;$i<93;$i++){
close OUT;
再用shell merge1-22，X Y M染色体
#!/bin/bash
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do
done
2)awk命令awk "/^>/{if(/chrY/){a=0}else{a=1}}{if(a==0)print}" hg19.fa > chrY.fa
这里如果提取chr1，chr2等的话，因为匹配原因会多提取比如chr10、chr11等染色体，所以chr1和chr2需要特殊对待。
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