UbiBrowser数据库，一种预测E3泛素化底物相互作用的网站_Btre

http://blog.sina.com.cn/u/3270027937

首页博文目录关于我

个人资料

微博

加好友发纸条

写留言加关注

博客等级：
博客积分：

博客访问：
关注人气：
获赠金笔：0支
赠出金笔：0支
荣誉徽章：

正文字体大小：大中小

UbiBrowser数据库，一种预测E3泛素化底物相互作用的网站

(2017-09-06 20:59:32)

分类： paperlearning

文章名称：An integrated bioinformatics platform for investigating the human E3 ubiquitin ligasesubstrate interaction network （Nature communication, 2017/08/24)

泛素-蛋白酶体系统需要E1激活酶、E2结合酶以及E3连接酶，对于蛋白降解、转录调控以及细胞信号传导具有重要作用。E3连接酶与靶底物的结合具有高度特异性，但是底物-底物之间的网络关联并不清楚。mUbiSiDa是一种泛素位点数据库，包含5700多种泛素化底物，有3万多种泛素化位点，但是对E3底物之间的关联还不到900种。不到15%的泛素化蛋白具有相应的连接酶信息。因此，需要一种强大的计算方法，在蛋白质组水平上系统地识别潜在的E3底物的相互作用。

这篇文献是利用一种基于朴素贝叶斯分类的计算算法整合五种生物学依据，包括homology E3-substrate interaction、enriched domain and Gene Ontology (GO) term pair、protein interaction network loop、和inferred E3 recognition consensus motif，预测人类E3连接酶底物之间的相互作用，设置了一个网上平台（UbiBrowser）研究泛素连接酶底物相互作用网络（http://ubibrowser.ncpsb.org/）。

阅读┊ 收藏 ┊ 喜欢 ▼ ┊打印┊举报/Report

前一篇：UBE2O is a quality control factor for orphans of multiprotein complexes

后一篇：50-ADAM12-L confers acquired 5-fluorouracil resistance in breast

新浪BLOG意见反馈留言板　欢迎批评指正