种蛋产出后，蛋壳上携带细菌(如沙门氏菌、巴氏杆菌、大肠杆菌、亚利桑那菌等)很容易繁殖，若不进行消毒，细菌(特别是霉菌)繁殖过多，严重影响种蛋的质量、对孵化极为不利，并可能将疾病传播给雏鸡，危害很大，因此种蛋的消毒非常重要。以下介绍几种种蛋放入小鸡孵化机之前的消毒的方法，供大家参考。

方法一：土霉素消毒

将种蛋放入预先配好的土霉素盐酸盐水溶液中浸泡15分钟。药液浓度为万分之五(即1公斤水放0.5克土霉素盐酸盐)，溶液的温度为4摄氏度。如温度高时，可用冰块放入溶液内降温至4摄氏度时，再将种蛋放入浸泡，15分钟后取出在孵化室内放置1至2分钟，当表面不太湿时，放回电孵机内继续孵化。这种方法对支原体的消毒效果显著。

方法二：喷雾消毒

新洁尔灭药液喷雾新洁尔灭原浓度为5%，加水50 倍配成0.1 ％的溶液，用喷雾器喷洒在种蛋的表面（注意上下蛋面均要喷到），经3 ～5 分钟，药液干后即可入孵。 二氧化氯溶液喷雾消毒用浓度为80 微克／毫升微温二氧化氯溶液对蛋面进行喷雾消毒。

方法三：漂白粉液消毒

将种蛋浸入含有活性氯的百分之1.5的漂白粉液中3分钟，取出沥干后即可装箱。值得注意的是：使用此法，必须在通风处进行。

方法四：熏蒸消毒

福尔马林熏蒸消毒在禽舍内或其他合适的地方没置一个封闭的箱体，箱的前面留一个门，为方便开启和关闭箱体用塑料布封闭。箱体内距地面30 厘米处设钢筋或木棍，下面放置消毒盆，上面放置蛋托。按照每立方米空间用福尔马林溶液30 毫升，高锰酸钾15 克。根据消毒容积称好高锰酸钾放人陶瓷或玻璃容器内（其容积比所福尔马林溶液大5 ～8 倍），再将所需福尔马林量好后倒入容器内，二者相遇发生剧烈化学反应，可产生大量甲醛气体杀死病原菌，密闭20～30 分钟后排出余气。

种蛋消毒应注意：种蛋保存前消毒（在种鸡舍内进行）一般不使用溶液法，因为使用溶液法容易破坏蛋壳表面的胶质层。保护膜破坏后，蛋内水分容易蒸发，细菌也容易进入蛋内，不利于蛋的存放和孵化。