Lammps源码中的类(class)层次结构图谱(转载)
(2013-11-06 12:06:17)| 分类: lammps运行 | 
			
最近研究lammps源码来着,准备自己加点东西。花了点时间用sed 和awk
找了下lammps所有class间的导出关系,现列如下,以供
有志自己修改lammps源码的朋友们参考。
自己粗略作了下分类,不一定完全合理。
源码版本是2010.9.16号的。
以下所列关系均按
   "基类-->导出类   (导出)类所在的头文件" 展示。      
若导出类仍有导出类的,紧接着列于其下。
(注意:个别有多个基类的导出类仅列出了最后一个基类,另外txt格式贴过来稍稍有点乱)
%------------------------------------------------------
% TOP LEVEL LAMMPS CLASSES.
% Everything starts here.
%------------------------------------------------------
class
 Pointers 
  
  
  
  
  
  
    
pointers.h                  
{
    class 
 LAMMPS 
  
  
  
  
  
  
   lammps.h                    
    {  
    class 
 Pointers --> Memory 
  
    
memory.h          
    class 
 Pointers --> Error 
  
  
   error.h            
    class 
 Pointers --> Universe 
  
   universe.h          
    class 
 Pointers --> Input 
  
  
   input.h            
    class 
 Pointers --> Atom 
  
  
  
 atom.h            
    class 
 Pointers --> Update 
  
    
update.h          
    class 
 Pointers --> Neighbor 
  
   neighbor.h          
    class 
 Pointers --> Comm 
  
  
  
 comm.h            
    class 
 Pointers --> Domain 
  
    
domain.h          
    class 
 Pointers --> Force 
  
  
   force.h            
    class 
 Pointers --> Modify 
  
    
modify.h          
    class 
 Pointers --> Group 
  
  
   group.h            
    class 
 Pointers --> Output 
  
    
output.h          
    class 
 Pointers --> Timer 
  
  
   timer.h            
    }  
}
% -------- Some SYSTEM related CORE classes ------------
class  Pointers -->
Lattice    
  
   lattice.h          
class  Pointers -->
CreateBox    
  
 create_box.h        
class  Pointers -->
ChangeBox    
  
 change_box.h        
class  Pointers -->
ReadData    
    
read_data.h        
class  Pointers -->
ReadRestart    
  read_restart.h      
class  Pointers -->
WriteRestart    
 write_restart.h      
class  Pointers -->
NeighList    
  
 neigh_list.h        
class  Pointers -->
NeighRequest    
 neigh_request.h      
class  Pointers -->
FFT3d    
  
    
fft3d_wrap.h          
class  Pointers -->
Shell    
  
    
shell.h          
class  Pointers -->
Special    
  
   special.h          
class  Pointers -->
Temper    
  
  
 temper.h          
class  Pointers -->
Thermo    
  
  
 thermo.h          
class  Pointers -->
Velocity    
    
velocity.h        
class  Pointers -->
Remap    
  
    
remap_wrap.h          
class  Pointers -->
Replicate    
  
 replicate.h        
class  Pointers -->
RanMars    
  
   random_mars.h          
class  Pointers -->
RanPark    
  
   random_park.h          
class  Pointers -->
DisplaceAtoms 
   displace_atoms.h      
class  Pointers -->
DisplaceBox    
  displace_box.h      
class  Pointers -->
Variable    
    
variable.h        
class  Pointers -->
Set    
  
  
  
 set.h            
class  Pointers -->
Run    
  
  
  
 run.h            
class  Pointers -->
Finish    
  
  
 finish.h          
% ----- Atom specific ------
class  Pointers -->
CreateAtoms    
  
  
  
  
  
  
 create_atoms.h                  
class  Pointers -->
DeleteAtoms    
  
  
  
  
  
  
 delete_atoms.h                  
class  Pointers -->
AtomVec    
  
  
  
  
  
  
    
atom_vec.h                    
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecAngle    
  
   atom_vec_angle.h                  
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecAtomic 
  
    
atom_vec_atomic.h                
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecBond    
  
  
 atom_vec_bond.h                  
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecCharge 
  
    
atom_vec_charge.h                
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecFull    
  
  
 atom_vec_full.h                  
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecHybrid 
  
    
atom_vec_hybrid.h                
    
  
    
class   AtomVec -->
AtomVecMolecular 
    
atom_vec_molecular.h              
% ----- Angle specific ------
class  Pointers -->
Angle    
  
  
  
  
  
  
  
  
 angle.h                      
    
  
    
class   Angle -->
AngleCharmm    
  
  
   angle_charmm.h                    
    
  
    
class   Angle -->
AngleCosine    
  
  
   angle_cosine.h                    
    
  
    
class   Angle -->
AngleCosineSquared 
    
angle_cosine_squared.h              
    
  
  
  
  
  
   class 
 AngleCosineSquared -->
AngleCosineDelta 
  
  
   angle_cosine_delta.h                          
    
  
    
class   Angle -->
AngleHarmonic 
  
  
  
 angle_harmonic.h                  
    
  
    
class   Angle -->
AngleHybrid    
  
  
   angle_hybrid.h                    
    
  
    
class   Angle -->
AngleTable    
  
  
  
 angle_table.h                    
class  Pointers -->
Dihedral    
  
  
  
  
  
  
  
 dihedral.h                    
    
  
    
class   Dihedral -->
DihedralCharmm 
  
   dihedral_charmm.h                
    
  
    
class   Dihedral -->
DihedralHarmonic 
  
 dihedral_harmonic.h              
    
  
    
class   Dihedral -->
DihedralHelix 
  
  
 dihedral_helix.h                
    
  
    
class   Dihedral -->
DihedralHybrid 
  
   dihedral_hybrid.h                
    
  
    
class   Dihedral -->
DihedralMultiHarmonic dihedral_multi_harmonic.h          
    
  
    
class   Dihedral -->
DihedralOPLS    
    
dihedral_opls.h                
% ----- Bond specific ------
class  Pointers -->
Bond    
  
  
  
  
  
  
  
    
bond.h                      
    
  
    
class   Bond -->
BondFENE    
  
  
  
  
 bond_fene.h                      
    
  
    
class   Bond -->
BondFENEExpand 
  
  
  
 bond_fene_expand.h                  
    
  
    
class   Bond -->
BondHarmonic    
  
  
   bond_harmonic.h                    
    
  
    
class   Bond -->
BondHybrid    
  
  
    
bond_hybrid.h                    
    
  
    
class   Bond -->
BondMorse    
  
  
  
   bond_morse.h                      
    
  
    
class   Bond -->
BondNonlinear 
  
  
    
bond_nonlinear.h                  
    
  
    
class   Bond -->
BondQuartic    
  
  
  
 bond_quartic.h                    
    
  
    
class   Bond -->
BondTable    
  
  
  
   bond_table.h                      
class  Pointers -->
DeleteBonds    
  
  
  
  
  
  
 delete_bonds.h                  
% ----- Compute specific ------
class  Pointers -->
Compute    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
 compute.h                        
    
  
    
class   Compute -->
ComputeAngleLocal 
  
  
   compute_angle_local.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeBondLocal 
  
  
  
 compute_bond_local.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeCentroAtom 
  
  
   compute_centro_atom.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeCNAAtom 
  
  
  
   compute_cna_atom.h                    
    
  
    
class   Compute -->
ComputeCOM    
  
  
  
  
 compute_com.h                      
    
  
    
class   Compute -->
ComputeCOMMolecule 
  
    
compute_com_molecule.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeCoordAtom 
  
  
  
 compute_coord_atom.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeDihedralLocal 
  
   compute_dihedral_local.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeDisplaceAtom 
  
  
 compute_displace_atom.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeERotateSphere 
  
   compute_erotate_sphere.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeGroupGroup 
  
  
   compute_group_group.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeGyration 
  
  
    
compute_gyration.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeGyrationMolecule 
   compute_gyration_molecule.h              
    
  
    
class   Compute -->
ComputeHeatFlux 
  
  
    
compute_heat_flux.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeImproperLocal 
  
   compute_improper_local.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeKE    
  
  
  
    
compute_ke.h                      
    
  
    
class   Compute -->
ComputeKEAtom 
  
  
  
  
 compute_ke_atom.h                    
    
  
    
class   Compute -->
ComputeMSD    
  
  
  
  
 compute_msd.h                      
    
  
    
class   Compute -->
ComputeMSDMolecule 
  
    
compute_msd_molecule.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputePairLocal 
  
  
  
 compute_pair_local.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputePE    
  
  
  
    
compute_pe.h                      
    
  
    
class   Compute -->
ComputePEAtom 
  
  
  
  
 compute_pe_atom.h                    
    
  
    
class   Compute -->
ComputePressure 
  
  
    
compute_pressure.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputePropertyAtom 
  
  
 compute_property_atom.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputePropertyLocal 
  
   compute_property_local.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputePropertyMolecule 
   compute_property_molecule.h              
    
  
    
class   Compute -->
ComputeRDF    
  
  
  
  
 compute_rdf.h                      
    
  
    
class   Compute -->
ComputeReduce 
  
  
  
  
 compute_reduce.h                    
    
  
  
  
  
  
    
class   ComputeReduce -->
ComputeReduceRegion 
  
  
   compute_reduce_region.h                          
    
  
    
class   Compute -->
ComputeStressAtom 
  
  
   compute_stress_atom.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTemp    
  
  
  
   compute_temp.h                      
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempCOM 
  
  
  
   compute_temp_com.h                    
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempDeform 
  
  
   compute_temp_deform.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempPartial 
  
    
compute_temp_partial.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempProfile 
  
    
compute_temp_profile.h                
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempRamp 
  
  
    
compute_temp_ramp.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempRegion 
  
  
   compute_temp_region.h                  
    
  
    
class   Compute -->
ComputeTempSphere 
  
  
   compute_temp_sphere.h                  
% ----- Fix specific ------
class  Pointers -->
Fix    
  
  
  
  
  
  
  
    
fix.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixAdapt    
  
  
  
  
 fix_adapt.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixAddForce    
  
  
  
 fix_addforce.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixAveAtom    
  
  
    
fix_ave_atom.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixAveCorrelate 
  
  
   fix_ave_correlate.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixAveHisto    
  
  
  
 fix_ave_histo.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixAveSpatial 
  
  
    
fix_ave_spatial.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixAveTime    
  
  
    
fix_ave_time.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixAveForce    
  
  
  
 fix_aveforce.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixBondBreak    
  
  
   fix_bond_break.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixBondCreate 
  
  
    
fix_bond_create.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixBondSwap    
  
  
  
 fix_bond_swap.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixBoxRelax    
  
  
  
 fix_box_relax.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixDeform    
  
  
  
   fix_deform.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixDeposit    
  
  
    
fix_deposit.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixDrag    
  
  
  
    
fix_drag.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixDtReset    
  
  
    
fix_dt_reset.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixEfield    
  
  
  
   fix_efield.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixEnforce2D    
  
  
   fix_enforce2d.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixEvaporate    
  
  
   fix_evaporate.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixGravity    
  
  
    
fix_gravity.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixHeat    
  
  
  
    
fix_heat.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixIndent    
  
  
  
   fix_indent.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixLangevin    
  
  
  
 fix_langevin.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixLineForce    
  
  
   fix_lineforce.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixMinimize    
  
  
  
 fix_minimize.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixMomentum    
  
  
  
 fix_momentum.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixMove    
  
  
  
    
fix_move.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixNH    
  
  
  
  
  
 fix_nh.h                        
    
  
  
  
  
  
 class   FixNH
--> FixNHSphere 
  
  
  
  
  
  
  
    
fix_nh_sphere.h                                  
    
  
  
  
  
  
  
  
    
class   FixNHSphere -->
FixNPHSphere    
  
   fix_nph_sphere.h                              
    
  
  
  
  
  
  
  
    
class   FixNHSphere -->
FixNPTSphere    
  
   fix_npt_sphere.h                              
    
  
  
  
  
  
  
  
    
class   FixNHSphere -->
FixNVTSphere    
  
   fix_nvt_sphere.h                              
    
  
  
  
  
  
 class   FixNH
--> FixNPH 
  
    
fix_nph.h                      
    
  
  
  
  
  
 class   FixNH
--> FixNPT 
  
    
fix_npt.h                      
    
  
  
  
  
  
 class   FixNH
--> FixNVT 
  
    
fix_nvt.h                      
    
  
  
  
  
  
 class   FixNH
--> FixNVTSllod 
   fix_nvt_sllod.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixNVE    
  
  
  
  
   fix_nve.h                        
    
  
  
  
  
  
 class   FixNVE
--> FixNVESphere 
 fix_nve_sphere.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixNVELimit    
  
  
  
 fix_nve_limit.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixNVENoforce 
  
  
    
fix_nve_noforce.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixOrientFCC    
  
  
   fix_orient_fcc.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixPlaneForce 
  
  
    
fix_planeforce.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixPressBerendsen 
  
  
 fix_press_berendsen.h                
    
  
    
class   Fix -->
FixPrint    
  
  
  
  
 fix_print.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixQEQComb    
  
  
    
fix_qeq_comb.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixReadRestart 
  
  
  
 fix_read_restart.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixRecenter    
  
  
  
 fix_recenter.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixRespa    
  
  
  
  
 fix_respa.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixRigid    
  
  
  
  
 fix_rigid.h                      
    
  
  
  
  
  
 class 
 FixRigid -->
FixRigidNVE  fix_rigid_nve.h                  
    
  
  
  
  
  
 class 
 FixRigid -->
FixRigidNVT  fix_rigid_nvt.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixSetForce    
  
  
  
 fix_setforce.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixShake    
  
  
  
  
 fix_shake.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixShearHistory 
  
  
   fix_shear_history.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixSpring    
  
  
  
   fix_spring.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixSpringRG    
  
  
  
 fix_spring_rg.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixSpringSelf 
  
  
    
fix_spring_self.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixStoreForce 
  
  
    
fix_store_force.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixStoreState 
  
  
    
fix_store_state.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixTempBerendsen 
  
    
fix_temp_berendsen.h                
    
  
    
class   Fix -->
FixTempRescale 
  
  
  
 fix_temp_rescale.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixThermalConductivity   
fix_thermal_conductivity.h            
    
  
    
class   Fix -->
FixTMD    
  
  
  
  
   fix_tmd.h                        
    
  
    
class   Fix -->
FixTTM    
  
  
  
  
   fix_ttm.h                        
    
  
    
class   Fix -->
FixViscosity    
  
  
   fix_viscosity.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixViscous    
  
  
    
fix_viscous.h                    
    
  
    
class   Fix -->
FixWall    
  
  
  
    
fix_wall.h                      
    
  
  
  
  
  
 class   FixWall
--> FixWallHarmonic 
  
 fix_wall_harmonic.h                    
    
  
  
  
  
  
 class   FixWall
--> FixWallLJ126 
  
  
 fix_wall_lj126.h                      
    
  
  
  
  
  
 class   FixWall
--> FixWallLJ93 
  
    
fix_wall_lj93.h                      
    
  
    
class   Fix -->
FixWallReflect 
  
  
  
 fix_wall_reflect.h                  
    
  
    
class   Fix -->
FixWallRegion 
  
  
    
fix_wall_region.h                  
% ----- Pair Potential specific ------
class  Pointers -->
Pair    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
 pair.h                            
    
  
    
class   Pair -->
PairAIREBO    
  
  
  
  
  
  
 pair_airebo.h                          
    
  
    
class   Pair -->
PairBornCoulLong 
  
  
  
  
  
 pair_born_coul_long.h                      
    
  
    
class   Pair -->
PairBuck    
  
  
  
  
  
  
   pair_buck.h                            
    
  
    
class   Pair -->
PairBuckCoulCut 
  
  
  
  
    
pair_buck_coul_cut.h                      
    
  
    
class   Pair -->
PairBuckCoulLong 
  
  
  
  
  
 pair_buck_coul_long.h                      
    
  
    
class   Pair -->
PairComb    
  
  
  
  
  
  
   pair_comb.h                            
    
  
    
class   Pair -->
PairCoulCut    
  
  
  
  
  
   pair_coul_cut.h                          
    
  
  
  
  
    
class   PairCoulCut -->
PairCoulDebye 
   pair_coul_debye.h                    
    
  
    
class   Pair -->
PairCoulLong    
  
  
  
  
    
pair_coul_long.h                        
    
  
    
class   Pair -->
PairDPD    
  
  
  
  
  
  
  
 pair_dpd.h                            
    
  
  
  
  
    
class   PairDPD -->
PairDPDTstat    
    
pair_dpd_tstat.h                      
    
  
    
class   Pair -->
PairEAM    
  
  
  
  
  
  
  
 pair_eam.h                            
    
  
  
  
  
    
class   PairEAM -->
PairEAMAlloy    
    
pair_eam_alloy.h                      
    
  
  
  
  
    
class   PairEAM -->
PairEAMFS    
  
    
pair_eam_fs.h                        
    
  
    
class   Pair -->
PairEIM    
  
  
  
  
  
  
  
 pair_eim.h                            
    
  
    
class   Pair -->
PairHybrid    
  
  
  
  
  
  
 pair_hybrid.h                          
    
  
  
  
  
    
class   PairHybrid -->
PairHybridOverlay  pair_hybrid_overlay.h                  
    
  
    
class   Pair -->
PairLJ96Cut    
  
  
  
  
  
   pair_lj96_cut.h                          
    
  
    
class   Pair -->
PairLJCharmmCoulCharmm 
  
  
  
 pair_lj_charmm_coul_charmm.h                  
    
  
  
  
  
    
class   PairLJCharmmCoulCharmm
--> PairLJCharmmCoulCharmmImplicit 
  
  
   pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.h                         
    
  
    
class   Pair -->
PairLJCharmmCoulLong 
  
  
  
   pair_lj_charmm_coul_long.h                    
    
  
    
class   Pair -->
PairLJCut    
  
  
  
  
  
    
pair_lj_cut.h                          
    
  
    
class   Pair -->
PairLJCutCoulCut 
  
  
  
  
  
 pair_lj_cut_coul_cut.h                      
    
  
  
  
  
    
class   PairLJCutCoulCut -->
PairLJCutCoulDebye 
    
pair_lj_cut_coul_debye.h                    
    
  
    
class   Pair -->
PairLJCutCoulLong 
  
  
  
  
   pair_lj_cut_coul_long.h                      
    
  
  
  
  
    
class   PairLJCutCoulLong -->
PairLJCutCoulLongTIP4P  pair_lj_cut_coul_long_tip4p.h                  
    
  
    
class   Pair -->
PairLJExpand    
  
  
  
  
    
pair_lj_expand.h                        
    
  
    
class   Pair -->
PairLJGromacs 
  
  
  
  
  
  
 pair_lj_gromacs.h                        
    
  
    
class   Pair -->
PairLJGromacsCoulGromacs 
  
    
pair_lj_gromacs_coul_gromacs.h                 
    
  
    
class   Pair -->
PairLJSmooth    
  
  
  
  
    
pair_lj_smooth.h                        
    
  
    
class   Pair -->
PairMorse    
  
  
  
  
  
    
pair_morse.h                          
    
  
    
class   Pair -->
PairSoft    
  
  
  
  
  
  
   pair_soft.h                            
    
  
    
class   Pair -->
PairSW    
  
  
  
  
  
  
    
pair_sw.h                            
    
  
    
class   Pair -->
PairTable    
  
  
  
  
  
    
pair_table.h                          
    
  
    
class   Pair -->
PairTersoff    
  
  
  
  
  
   pair_tersoff.h                          
    
  
  
  
  
    
class   PairTersoff -->
PairTersoffZBL   
pair_tersoff_zbl.h                  
    
  
    
class   Pair -->
PairYukawa    
  
  
  
  
  
  
 pair_yukawa.h                          
% ------ Region specific ------
class  Pointers -->
Region    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    
region.h                          
    
  
    
class   Region -->
RegBlock    
  
  
  
  
  
  
 region_block.h                          
    
  
    
class   Region -->
RegCone    
  
  
  
  
  
    
region_cone.h                          
    
  
    
class   Region -->
RegCylinder    
  
  
  
  
  
 region_cylinder.h                        
    
  
    
class   Region -->
RegIntersect    
  
  
  
  
   region_intersect.h                        
    
  
    
class   Region -->
RegPlane    
  
  
  
  
  
  
 region_plane.h                          
    
  
    
class   Region -->
RegPrism    
  
  
  
  
  
  
 region_prism.h                          
    
  
    
class   Region -->
RegSphere    
  
  
  
  
  
   region_sphere.h                          
    
  
    
class   Region -->
RegUnion    
  
  
  
  
  
  
 region_union.h                          
% ----- Dump specific ------
class  Pointers -->
Dump    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
 dump.h                            
    
  
    
class   Dump -->
DumpAtom    
  
  
  
  
  
  
   dump_atom.h                            
    
  
    
class   Dump -->
DumpCustom    
  
  
  
  
  
  
 dump_custom.h                          
    
  
  
  
  
    
class   DumpCustom -->
DumpCFG    
  
  
 dump_cfg.h                        
    
  
    
class   Dump -->
DumpDCD    
  
  
  
  
  
  
  
 dump_dcd.h                            
    
  
    
class   Dump -->
DumpLocal    
  
  
  
  
  
    
dump_local.h                          
    
  
    
class   Dump -->
DumpXYZ    
  
  
  
  
  
  
  
 dump_xyz.h                            
% ------ Misc specific
class  Pointers -->
Improper    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
   improper.h                          
    
  
    
class   Improper -->
ImproperCvff    
  
  
  
  
 improper_cvff.h                      
    
  
    
class   Improper -->
ImproperHarmonic 
  
  
  
   improper_harmonic.h                    
    
  
    
class   Improper -->
ImproperHybrid 
  
  
  
    
improper_hybrid.h                    
class  Pointers -->
KSpace    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    
kspace.h                          
    
  
    
class   KSpace -->
Ewald    
  
  
  
  
  
  
  
 ewald.h                            
    
  
    
class   KSpace -->
PPPM    
  
  
  
  
  
  
    
pppm.h                            
    
  
  
  
  
  
  
 class   PPPM
--> PPPMTIP4P 
  
  
  
   pppm_tip4p.h                            
class  Pointers -->
Minimize    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
   minimize.h                          
class  Pointers -->
Min    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    
min.h                            
    
  
    
class   Min -->
MinLineSearch 
  
  
  
  
  
    
min_linesearch.h                        
    
  
  
  
  
  
 class 
 MinLineSearch --> MinSD 
  
  
  
 min_sd.h                        
    
  
  
  
  
  
 class 
 MinLineSearch --> MinCG 
  
  
  
 min_cg.h                        
class  Pointers -->
Integrate    
  
  
  
  
  
  
  
  
    
integrate.h                        
    
  
    
class   Integrate -->
Respa    
  
  
  
  
  
  
 respa.h                          
    
  
    
class   Integrate -->
Verlet    
  
  
  
  
  
   verlet.h                          
% ------ USER provided packages ------
class Compute
  
  
  
     --->
ComputeAcklandAtom 
  
 USER-ACKLAND/compute_ackland_atom.h 
                
class Fix   
  
  
  
  
  
  
   --->
FixATC    
  
  
  
  
  
  
  
  
 USER-ATC/fix_atc.h 
  
  
  
  
                                                  
class PairEAMAlloy
  
  
   --->
PairCDEAM    
  
  
  
  
  
   USER-CD-EAM/pair_cdeam.h 
  
  
  
                                  
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
   class
PairCDEAM --->
PairCDEAM_OneSite  USER-CD-EAM/pair_cdeam.h 
  
  
  
                                      
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
   class
PairCDEAM --->
PairCDEAM_TwoSite  USER-CD-EAM/pair_cdeam.h 
  
  
  
                                      
class CGCMMParms
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
 USER-CG-CMM/cg_cmm_parms.h                                              
class CGCMMParms
  
  
     --->
AngleCGCMM    
  
  
  
  
  
  
  
   USER-CG-CMM/angle_cg_cmm.h                            
class CGCMMParms
  
  
     --->
PairCMMCommon 
  
  
  
  
  
    
USER-CG-CMM/pair_cmm_common.h                      
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    class
PairCMMCommon   --->
PairCGCMM 
   USER-CG-CMM/pair_cg_cmm.h 
  
  
  
                                          
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    class
PairCMMCommon   --->
PairCGCMMCoulCut 
 USER-CG-CMM/pair_cg_cmm_coul_cut.h 
                                  
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    class
PairCMMCommon   --->
PairCGCMMCoulLong  USER-CG-CMM/pair_cg_cmm_coul_long.h                                   
class AtomVec
  
  
  
  
     --->
AtomVecElectron 
  
  
  
  
   USER-EFF/atom_vec_electron.h 
  
                            
class Compute
  
  
  
  
     --->
ComputeKEAtomEff 
  
  
  
    
USER-EFF/compute_ke_atom_eff.h 
                          
class Compute
  
  
  
  
     --->
ComputeKEEff    
  
  
  
  
  
  
 USER-EFF/compute_ke_eff.h 
  
  
                                  
class ComputeTempDeform
  
    --->
ComputeTempDeformEff 
  
  
  
 USER-EFF/compute_temp_deform_eff.h              
class ComputeTemp
  
  
  
  
  
   --->
ComputeTempEff 
  
  
  
  
  
  
   USER-EFF/compute_temp_eff.h 
  
                                    
class ComputeTempRegion
  
    --->
ComputeTempRegionEff 
  
  
  
 USER-EFF/compute_temp_region_eff.h              
class FixLangevin
  
  
  
  
  
  
    --->
FixLangevinEff 
  
  
  
  
  
  
  
  
 USER-EFF/fix_langevin_eff.h 
  
                                        
class FixNH   
  
  
    --->
FixNHEff    
  
  
  
  
  
  
  
  
   USER-EFF/fix_nh_eff.h 
  
  
  
                                          
    
  
  
  
  
  
  
  
     class
FixNHEff   --->
FixNPHEff    
  USER-EFF/fix_nph_eff.h 
  
  
  
                                  
    
  
  
  
  
  
  
  
     class
FixNHEff   --->
FixNPTEff    
  USER-EFF/fix_npt_eff.h 
  
  
  
                                  
    
  
  
  
  
  
  
  
     class
FixNHEff   --->
FixNVTEff    
  USER-EFF/fix_nvt_eff.h 
  
  
  
                                  
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
    class
FixNVTEff  --->
FixNVTSllodEff  USER-EFF/fix_nvt_sllod_eff.h 
  
                                            
class FixNVE   
  
  
  
  
   --->
FixNVEEff    
  
  
  
  
  
   USER-EFF/fix_nve_eff.h 
  
  
  
                                      
class FixTempRescale
   --->
FixTempRescaleEff 
  
  
   USER-EFF/fix_temp_rescale_eff.h 
              
class Pair   
  
  
  
  
     --->
PairEffCut    
  
  
  
  
  
    
USER-EFF/pair_eff_cut.h 
  
  
                                        
class KSpace   
  
  
  
   --->
EwaldN    
  
  
  
  
  
  
    
USER-EWALDN/ewald_n.h 
  
  
  
  
                                          
class Pair   
  
  
  
  
     --->
PairBuckCoul    
  
  
  
    
USER-EWALDN/pair_buck_coul.h 
  
  
                                
class Pair   
  
  
  
  
     --->
PairLJCoul    
  
  
  
  
  
   USER-EWALDN/pair_lj_coul.h 
  
  
                                        
class Fix   
  
  
  
  
  
   --->
FixIMD    
  
  
  
  
  
  
    
USER-IMD/fix_imd.h 
  
  
  
  
                                              
class Fix   
  
  
  
  
  
   --->
FixSMD    
  
  
  
  
  
  
  
 USER-SMD/fix_smd.h 
  
  
  
  
                                              
% ----- GPU MEAM POEMS REAX XTC
------  
class PairGayBerne
  
   --->
PairGayBerneGPU 
  
  
  
 GPU/pair_gayberne_gpu.h 
  
                  
class PairLJCut
  
  
  
   --->
PairLJCutGPU    
  
  
  
  
 GPU/pair_lj_cut_gpu.h 
  
                              
class Pair   
  
  
  
  
     --->
PairMEAM    
  
  
  
  
  
  
 MEAM/pair_meam.h 
  
  
  
                                          
class Fix   
  
  
  
  
  
   --->
FixPOEMS    
  
  
  
  
  
  
 POEMS/fix_poems.h 
  
  
  
                                            
class Fix   
  
  
  
  
  
   --->
FixReaxBonds    
  
  
  
  
 REAX/fix_reax_bonds.h 
  
  
                                  
class Pair   
  
  
  
  
     --->
PairREAX    
  
  
  
  
  
    
REAX/pair_reax.h 
  
  
  
                                          
class Dump   
  
  
  
    --->
DumpXTC    
  
  
  
  
  
  
 XTC/dump_xtc.h                            							
		
						
		
		
		
		
		
		
							
		
				
		
				
	有志自己修改lammps源码的朋友们参考。
自己粗略作了下分类,不一定完全合理。
源码版本是2010.9.16号的。
以下所列关系均按
若导出类仍有导出类的,紧接着列于其下。
(注意:个别有多个基类的导出类仅列出了最后一个基类,另外txt格式贴过来稍稍有点乱)
%------------------------------------------------------
% TOP LEVEL LAMMPS CLASSES.
% Everything starts here.
%------------------------------------------------------
class
{
}
% -------- Some SYSTEM related CORE classes ------------
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
class
% ----- Atom specific ------
class
class
class
% ----- Angle specific ------
class
class
% ----- Bond specific ------
class
class
% ----- Compute specific ------
class
% ----- Fix specific ------
class
% ----- Pair Potential specific ------
class
% ------ Region specific ------
class
% ----- Dump specific ------
class
% ------ Misc specific
class
class
class
class
class
% ------ USER provided packages ------
class Compute
class Fix
class PairEAMAlloy
class CGCMMParms
class CGCMMParms
class CGCMMParms
class AtomVec
class Compute
class Compute
class ComputeTempDeform
class ComputeTemp
class ComputeTempRegion
class FixLangevin
class FixNH
class FixNVE
class FixTempRescale
class Pair
class KSpace
class Pair
class Pair
class Fix
class Fix
% -----
class PairGayBerne
class PairLJCut
class Pair
class Fix
class Fix
class Pair
class Dump

加载中…