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Lammps源码中的类(class)层次结构图谱(转载)

(2013-11-06 12:06:17)
分类: lammps运行
最近研究lammps源码来着,准备自己加点东西。花了点时间用sed 和awk 找了下lammps所有class间的导出关系,现列如下,以供
有志自己修改lammps源码的朋友们参考。
自己粗略作了下分类,不一定完全合理。
源码版本是2010.9.16号的。

以下所列关系均按     "基类-->导出类   (导出)类所在的头文件" 展示。
若导出类仍有导出类的,紧接着列于其下。
(注意:个别有多个基类的导出类仅列出了最后一个基类,另外txt格式贴过来稍稍有点乱)

%------------------------------------------------------
% TOP LEVEL LAMMPS CLASSES.
% Everything starts here.
%------------------------------------------------------

class   Pointers                         pointers.h
{
    class   LAMMPS                       lammps.h
    {
    class   Pointers --> Memory          memory.h
    class   Pointers --> Error           error.h
    class   Pointers --> Universe        universe.h
    class   Pointers --> Input           input.h

    class   Pointers --> Atom            atom.h
    class   Pointers --> Update          update.h
    class   Pointers --> Neighbor        neighbor.h
    class   Pointers --> Comm            comm.h
    class   Pointers --> Domain          domain.h
    class   Pointers --> Force           force.h
    class   Pointers --> Modify          modify.h
    class   Pointers --> Group           group.h
    class   Pointers --> Output          output.h
    class   Pointers --> Timer           timer.h
    }
}


% -------- Some SYSTEM related CORE classes ------------
class   Pointers --> Lattice           lattice.h
class   Pointers --> CreateBox         create_box.h
class   Pointers --> ChangeBox         change_box.h
class   Pointers --> ReadData          read_data.h
class   Pointers --> ReadRestart       read_restart.h
class   Pointers --> WriteRestart      write_restart.h
class   Pointers --> NeighList         neigh_list.h
class   Pointers --> NeighRequest      neigh_request.h
class   Pointers --> FFT3d             fft3d_wrap.h
class   Pointers --> Shell             shell.h
class   Pointers --> Special           special.h
class   Pointers --> Temper            temper.h
class   Pointers --> Thermo            thermo.h
class   Pointers --> Velocity          velocity.h
class   Pointers --> Remap             remap_wrap.h
class   Pointers --> Replicate         replicate.h
class   Pointers --> RanMars           random_mars.h
class   Pointers --> RanPark           random_park.h
class   Pointers --> DisplaceAtoms     displace_atoms.h
class   Pointers --> DisplaceBox       displace_box.h
class   Pointers --> Variable          variable.h
class   Pointers --> Set               set.h
class   Pointers --> Run               run.h
class   Pointers --> Finish            finish.h


% ----- Atom specific ------
class   Pointers --> CreateAtoms                        create_atoms.h
class   Pointers --> DeleteAtoms                        delete_atoms.h
class   Pointers --> AtomVec                            atom_vec.h
             class   AtomVec --> AtomVecAngle           atom_vec_angle.h
             class   AtomVec --> AtomVecAtomic          atom_vec_atomic.h
             class   AtomVec --> AtomVecBond            atom_vec_bond.h
             class   AtomVec --> AtomVecCharge          atom_vec_charge.h
             class   AtomVec --> AtomVecFull            atom_vec_full.h
             class   AtomVec --> AtomVecHybrid          atom_vec_hybrid.h
             class   AtomVec --> AtomVecMolecular       atom_vec_molecular.h

% ----- Angle specific ------
class   Pointers --> Angle                              angle.h
             class   Angle --> AngleCharmm              angle_charmm.h
             class   Angle --> AngleCosine              angle_cosine.h
             class   Angle --> AngleCosineSquared       angle_cosine_squared.h
                       class   AngleCosineSquared --> AngleCosineDelta           angle_cosine_delta.h
             class   Angle --> AngleHarmonic            angle_harmonic.h
             class   Angle --> AngleHybrid              angle_hybrid.h
             class   Angle --> AngleTable               angle_table.h

class   Pointers --> Dihedral                           dihedral.h
             class   Dihedral --> DihedralCharmm        dihedral_charmm.h
             class   Dihedral --> DihedralHarmonic      dihedral_harmonic.h
             class   Dihedral --> DihedralHelix         dihedral_helix.h
             class   Dihedral --> DihedralHybrid        dihedral_hybrid.h
             class   Dihedral --> DihedralMultiHarmonic dihedral_multi_harmonic.h
             class   Dihedral --> DihedralOPLS          dihedral_opls.h


% ----- Bond specific ------
class   Pointers --> Bond                               bond.h
             class   Bond --> BondFENE                  bond_fene.h
             class   Bond --> BondFENEExpand            bond_fene_expand.h
             class   Bond --> BondHarmonic              bond_harmonic.h
             class   Bond --> BondHybrid                bond_hybrid.h
             class   Bond --> BondMorse                 bond_morse.h
             class   Bond --> BondNonlinear             bond_nonlinear.h
             class   Bond --> BondQuartic               bond_quartic.h
             class   Bond --> BondTable                 bond_table.h
class   Pointers --> DeleteBonds                        delete_bonds.h


% ----- Compute specific ------
class   Pointers --> Compute                                 compute.h
             class   Compute --> ComputeAngleLocal           compute_angle_local.h
             class   Compute --> ComputeBondLocal            compute_bond_local.h
             class   Compute --> ComputeCentroAtom           compute_centro_atom.h
             class   Compute --> ComputeCNAAtom              compute_cna_atom.h
             class   Compute --> ComputeCOM                  compute_com.h
             class   Compute --> ComputeCOMMolecule          compute_com_molecule.h
             class   Compute --> ComputeCoordAtom            compute_coord_atom.h
             class   Compute --> ComputeDihedralLocal        compute_dihedral_local.h
             class   Compute --> ComputeDisplaceAtom         compute_displace_atom.h
             class   Compute --> ComputeERotateSphere        compute_erotate_sphere.h
             class   Compute --> ComputeGroupGroup           compute_group_group.h
             class   Compute --> ComputeGyration             compute_gyration.h
             class   Compute --> ComputeGyrationMolecule     compute_gyration_molecule.h
             class   Compute --> ComputeHeatFlux             compute_heat_flux.h
             class   Compute --> ComputeImproperLocal        compute_improper_local.h
             class   Compute --> ComputeKE                   compute_ke.h
             class   Compute --> ComputeKEAtom               compute_ke_atom.h
             class   Compute --> ComputeMSD                  compute_msd.h
             class   Compute --> ComputeMSDMolecule          compute_msd_molecule.h
             class   Compute --> ComputePairLocal            compute_pair_local.h
             class   Compute --> ComputePE                   compute_pe.h
             class   Compute --> ComputePEAtom               compute_pe_atom.h
             class   Compute --> ComputePressure             compute_pressure.h
             class   Compute --> ComputePropertyAtom         compute_property_atom.h
             class   Compute --> ComputePropertyLocal        compute_property_local.h
             class   Compute --> ComputePropertyMolecule     compute_property_molecule.h
             class   Compute --> ComputeRDF                  compute_rdf.h
             class   Compute --> ComputeReduce               compute_reduce.h
                         class   ComputeReduce --> ComputeReduceRegion           compute_reduce_region.h
             class   Compute --> ComputeStressAtom           compute_stress_atom.h
             class   Compute --> ComputeTemp                 compute_temp.h
             class   Compute --> ComputeTempCOM              compute_temp_com.h
             class   Compute --> ComputeTempDeform           compute_temp_deform.h
             class   Compute --> ComputeTempPartial          compute_temp_partial.h
             class   Compute --> ComputeTempProfile          compute_temp_profile.h
             class   Compute --> ComputeTempRamp             compute_temp_ramp.h
             class   Compute --> ComputeTempRegion           compute_temp_region.h
             class   Compute --> ComputeTempSphere           compute_temp_sphere.h

% ----- Fix specific ------
class   Pointers --> Fix                               fix.h
             class   Fix --> FixAdapt                  fix_adapt.h
             class   Fix --> FixAddForce               fix_addforce.h
             class   Fix --> FixAveAtom                fix_ave_atom.h
             class   Fix --> FixAveCorrelate           fix_ave_correlate.h
             class   Fix --> FixAveHisto               fix_ave_histo.h
             class   Fix --> FixAveSpatial             fix_ave_spatial.h
             class   Fix --> FixAveTime                fix_ave_time.h
             class   Fix --> FixAveForce               fix_aveforce.h
             class   Fix --> FixBondBreak              fix_bond_break.h
             class   Fix --> FixBondCreate             fix_bond_create.h
             class   Fix --> FixBondSwap               fix_bond_swap.h
             class   Fix --> FixBoxRelax               fix_box_relax.h
             class   Fix --> FixDeform                 fix_deform.h
             class   Fix --> FixDeposit                fix_deposit.h
             class   Fix --> FixDrag                   fix_drag.h
             class   Fix --> FixDtReset                fix_dt_reset.h
             class   Fix --> FixEfield                 fix_efield.h
             class   Fix --> FixEnforce2D              fix_enforce2d.h
             class   Fix --> FixEvaporate              fix_evaporate.h
             class   Fix --> FixGravity                fix_gravity.h
             class   Fix --> FixHeat                   fix_heat.h
             class   Fix --> FixIndent                 fix_indent.h
             class   Fix --> FixLangevin               fix_langevin.h
             class   Fix --> FixLineForce              fix_lineforce.h
             class   Fix --> FixMinimize               fix_minimize.h
             class   Fix --> FixMomentum               fix_momentum.h
             class   Fix --> FixMove                   fix_move.h
             class   Fix --> FixNH                     fix_nh.h
                     class   FixNH --> FixNHSphere                            fix_nh_sphere.h
                               class   FixNHSphere --> FixNPHSphere           fix_nph_sphere.h
                               class   FixNHSphere --> FixNPTSphere           fix_npt_sphere.h
                               class   FixNHSphere --> FixNVTSphere           fix_nvt_sphere.h
                     class   FixNH --> FixNPH          fix_nph.h
                     class   FixNH --> FixNPT          fix_npt.h
                     class   FixNH --> FixNVT          fix_nvt.h
                     class   FixNH --> FixNVTSllod     fix_nvt_sllod.h
             class   Fix --> FixNVE                    fix_nve.h
                     class   FixNVE --> FixNVESphere   fix_nve_sphere.h
             class   Fix --> FixNVELimit               fix_nve_limit.h
             class   Fix --> FixNVENoforce             fix_nve_noforce.h
             class   Fix --> FixOrientFCC              fix_orient_fcc.h
             class   Fix --> FixPlaneForce             fix_planeforce.h
             class   Fix --> FixPressBerendsen         fix_press_berendsen.h
             class   Fix --> FixPrint                  fix_print.h
             class   Fix --> FixQEQComb                fix_qeq_comb.h
             class   Fix --> FixReadRestart            fix_read_restart.h
             class   Fix --> FixRecenter               fix_recenter.h
             class   Fix --> FixRespa                  fix_respa.h
             class   Fix --> FixRigid                  fix_rigid.h
                     class   FixRigid --> FixRigidNVE  fix_rigid_nve.h
                     class   FixRigid --> FixRigidNVT  fix_rigid_nvt.h
             class   Fix --> FixSetForce               fix_setforce.h
             class   Fix --> FixShake                  fix_shake.h
             class   Fix --> FixShearHistory           fix_shear_history.h
             class   Fix --> FixSpring                 fix_spring.h
             class   Fix --> FixSpringRG               fix_spring_rg.h
             class   Fix --> FixSpringSelf             fix_spring_self.h
             class   Fix --> FixStoreForce             fix_store_force.h
             class   Fix --> FixStoreState             fix_store_state.h
             class   Fix --> FixTempBerendsen          fix_temp_berendsen.h
             class   Fix --> FixTempRescale            fix_temp_rescale.h
             class   Fix --> FixThermalConductivity    fix_thermal_conductivity.h
             class   Fix --> FixTMD                    fix_tmd.h
             class   Fix --> FixTTM                    fix_ttm.h
             class   Fix --> FixViscosity              fix_viscosity.h
             class   Fix --> FixViscous                fix_viscous.h
             class   Fix --> FixWall                   fix_wall.h
                     class   FixWall --> FixWallHarmonic      fix_wall_harmonic.h
                     class   FixWall --> FixWallLJ126         fix_wall_lj126.h
                     class   FixWall --> FixWallLJ93          fix_wall_lj93.h
             class   Fix --> FixWallReflect            fix_wall_reflect.h
             class   Fix --> FixWallRegion             fix_wall_region.h

% ----- Pair Potential specific ------
class   Pointers --> Pair                                       pair.h
             class   Pair --> PairAIREBO                        pair_airebo.h
             class   Pair --> PairBornCoulLong                  pair_born_coul_long.h
             class   Pair --> PairBuck                          pair_buck.h
             class   Pair --> PairBuckCoulCut                   pair_buck_coul_cut.h
             class   Pair --> PairBuckCoulLong                  pair_buck_coul_long.h
             class   Pair --> PairComb                          pair_comb.h
             class   Pair --> PairCoulCut                       pair_coul_cut.h
                      class   PairCoulCut --> PairCoulDebye     pair_coul_debye.h
             class   Pair --> PairCoulLong                      pair_coul_long.h
             class   Pair --> PairDPD                           pair_dpd.h
                      class   PairDPD --> PairDPDTstat          pair_dpd_tstat.h
             class   Pair --> PairEAM                           pair_eam.h
                      class   PairEAM --> PairEAMAlloy          pair_eam_alloy.h
                      class   PairEAM --> PairEAMFS             pair_eam_fs.h
             class   Pair --> PairEIM                           pair_eim.h
             class   Pair --> PairHybrid                        pair_hybrid.h
                      class   PairHybrid --> PairHybridOverlay  pair_hybrid_overlay.h
             class   Pair --> PairLJ96Cut                       pair_lj96_cut.h
             class   Pair --> PairLJCharmmCoulCharmm            pair_lj_charmm_coul_charmm.h
                      class   PairLJCharmmCoulCharmm --> PairLJCharmmCoulCharmmImplicit           pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.h
             class   Pair --> PairLJCharmmCoulLong              pair_lj_charmm_coul_long.h
             class   Pair --> PairLJCut                         pair_lj_cut.h
             class   Pair --> PairLJCutCoulCut                  pair_lj_cut_coul_cut.h
                      class   PairLJCutCoulCut --> PairLJCutCoulDebye       pair_lj_cut_coul_debye.h
             class   Pair --> PairLJCutCoulLong                 pair_lj_cut_coul_long.h
                      class   PairLJCutCoulLong --> PairLJCutCoulLongTIP4P  pair_lj_cut_coul_long_tip4p.h
             class   Pair --> PairLJExpand                      pair_lj_expand.h
             class   Pair --> PairLJGromacs                     pair_lj_gromacs.h
             class   Pair --> PairLJGromacsCoulGromacs          pair_lj_gromacs_coul_gromacs.h
             class   Pair --> PairLJSmooth                      pair_lj_smooth.h
             class   Pair --> PairMorse                         pair_morse.h
             class   Pair --> PairSoft                          pair_soft.h
             class   Pair --> PairSW                            pair_sw.h
             class   Pair --> PairTable                         pair_table.h
             class   Pair --> PairTersoff                       pair_tersoff.h
                      class   PairTersoff --> PairTersoffZBL    pair_tersoff_zbl.h
             class   Pair --> PairYukawa                        pair_yukawa.h

% ------ Region specific ------
class   Pointers --> Region                                     region.h
             class   Region --> RegBlock                        region_block.h
             class   Region --> RegCone                         region_cone.h
             class   Region --> RegCylinder                     region_cylinder.h
             class   Region --> RegIntersect                    region_intersect.h
             class   Region --> RegPlane                        region_plane.h
             class   Region --> RegPrism                        region_prism.h
             class   Region --> RegSphere                       region_sphere.h
             class   Region --> RegUnion                        region_union.h

% ----- Dump specific ------
class   Pointers --> Dump                                       dump.h
             class   Dump --> DumpAtom                          dump_atom.h
             class   Dump --> DumpCustom                        dump_custom.h
                      class   DumpCustom --> DumpCFG            dump_cfg.h
             class   Dump --> DumpDCD                           dump_dcd.h
             class   Dump --> DumpLocal                         dump_local.h
             class   Dump --> DumpXYZ                           dump_xyz.h

% ------ Misc specific
class   Pointers --> Improper                                   improper.h
             class   Improper --> ImproperCvff                  improper_cvff.h
             class   Improper --> ImproperHarmonic              improper_harmonic.h
             class   Improper --> ImproperHybrid                improper_hybrid.h

class   Pointers --> KSpace                                     kspace.h
             class   KSpace --> Ewald                           ewald.h
             class   KSpace --> PPPM                            pppm.h
                        class   PPPM --> PPPMTIP4P              pppm_tip4p.h

class   Pointers --> Minimize                                   minimize.h
class   Pointers --> Min                                        min.h
             class   Min --> MinLineSearch                      min_linesearch.h
                     class   MinLineSearch --> MinSD            min_sd.h
                     class   MinLineSearch --> MinCG            min_cg.h

class   Pointers --> Integrate                                  integrate.h
             class   Integrate --> Respa                        respa.h
             class   Integrate --> Verlet                       verlet.h

% ------ USER provided packages ------
class Compute                ---> ComputeAcklandAtom      USER-ACKLAND/compute_ackland_atom.h   
class Fix                          ---> FixATC                              USER-ATC/fix_atc.h                
class PairEAMAlloy           ---> PairCDEAM                       USER-CD-EAM/pair_cdeam.h             
                                      class PairCDEAM ---> PairCDEAM_OneSite  USER-CD-EAM/pair_cdeam.h             
                                      class PairCDEAM ---> PairCDEAM_TwoSite  USER-CD-EAM/pair_cdeam.h             
class CGCMMParms                                                                     USER-CG-CMM/cg_cmm_parms.h
class CGCMMParms             ---> AngleCGCMM                             USER-CG-CMM/angle_cg_cmm.h
class CGCMMParms             ---> PairCMMCommon                      USER-CG-CMM/pair_cmm_common.h
                                          class PairCMMCommon   ---> PairCGCMM     USER-CG-CMM/pair_cg_cmm.h            
                                          class PairCMMCommon   ---> PairCGCMMCoulCut   USER-CG-CMM/pair_cg_cmm_coul_cut.h   
                                          class PairCMMCommon   ---> PairCGCMMCoulLong  USER-CG-CMM/pair_cg_cmm_coul_long.h  
class AtomVec                   ---> AtomVecElectron                 USER-EFF/atom_vec_electron.h      
class Compute                   ---> ComputeKEAtomEff                USER-EFF/compute_ke_atom_eff.h    
class Compute                   ---> ComputeKEEff                        USER-EFF/compute_ke_eff.h         
class ComputeTempDeform         ---> ComputeTempDeformEff            USER-EFF/compute_temp_deform_eff.h
class ComputeTemp                    ---> ComputeTempEff                       USER-EFF/compute_temp_eff.h       
class ComputeTempRegion         ---> ComputeTempRegionEff            USER-EFF/compute_temp_region_eff.h
class FixLangevin                        ---> FixLangevinEff                           USER-EFF/fix_langevin_eff.h       
class FixNH               ---> FixNHEff                                USER-EFF/fix_nh_eff.h             
                               class FixNHEff   ---> FixNPHEff       USER-EFF/fix_nph_eff.h            
                               class FixNHEff   ---> FixNPTEff       USER-EFF/fix_npt_eff.h            
                               class FixNHEff   ---> FixNVTEff       USER-EFF/fix_nvt_eff.h            
                                                      class FixNVTEff  ---> FixNVTSllodEff  USER-EFF/fix_nvt_sllod_eff.h      
class FixNVE                    ---> FixNVEEff                       USER-EFF/fix_nve_eff.h            
class FixTempRescale     ---> FixTempRescaleEff           USER-EFF/fix_temp_rescale_eff.h   
class Pair                      ---> PairEffCut                         USER-EFF/pair_eff_cut.h           
class KSpace                 ---> EwaldN                            USER-EWALDN/ewald_n.h                
class Pair                      ---> PairBuckCoul                   USER-EWALDN/pair_buck_coul.h         
class Pair                      ---> PairLJCoul                       USER-EWALDN/pair_lj_coul.h           
class Fix                       ---> FixIMD                            USER-IMD/fix_imd.h                
class Fix                       ---> FixSMD                           USER-SMD/fix_smd.h                


% -----  GPU MEAM POEMS REAX XTC ------
class PairGayBerne        ---> PairGayBerneGPU            GPU/pair_gayberne_gpu.h      
class PairLJCut              ---> PairLJCutGPU                  GPU/pair_lj_cut_gpu.h        
class Pair                      ---> PairMEAM                        MEAM/pair_meam.h              
class Fix                       ---> FixPOEMS                        POEMS/fix_poems.h              
class Fix                       ---> FixReaxBonds                  REAX/fix_reax_bonds.h         
class Pair                      ---> PairREAX                         REAX/pair_reax.h              
class Dump                  ---> DumpXTC                        XTC/dump_xtc.h

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