咖啡中含有丰富的咖啡因、咖啡酸、绿原酸等成份，可以有效对抗威胁我们身体健康的自由基，而自由基是造成许多疾病（ 例如:心肌病变、动脉硬化、中风、肺气肿、巴金森氏症）的主因。自由基过多会使身体代谢受到影响，破坏细胞进而使得器官组织受到影响。 现代医学研究指出，咖啡豆含有糖类、蛋白质、脂肪、淤硷酸、钾、粗纤维、水份等营养成份。此外、咖啡还含有咖啡因、单寧酸、生物硷等有益人体健康的成份。

咖啡含有高成份的多酚化合物，这一类化合物是强力的抗氧化剂，能延缓低密度脂蛋白的氧化时间高达三倍，可以溶解血液凝块及阻止血栓的形成；咖啡还可以增强心血管收缩，避免血管扩张而头痛。此外，少量的咖啡也可以增强心肌收缩功能力，促进血液循环，达到预防心血管疾病的作用。

喝咖啡是一种享受，可以放松心情而且可以缓解压力，咖啡所含的咖啡因可以使人精神振奋，心情愉快，缓解抑郁 。

咖啡因会刺激脑部的中枢神经系统，延长脑部清醒的时间，使思路清晰、敏锐，且注意力较集中，可提高工作及学习的效率。咖啡会在体内停留3～5小时，故咖啡有长时间的提神效果。

咖啡因能提高人体消耗热量的速率，发现100毫克的咖啡因（约一杯咖啡），可加速脂肪分解，能使人体的新陈代谢率增加3％～4％，增加热能的消耗，适量饮用，有减重效果。

每天喝2～3杯咖啡者比不喝的人，平均得到胆结石的机会小了40％。咖啡所含的单寧酸，具有止血、防臭的作用。

咖啡因会刺激交感神经，提高胃液分泌，如果在饭后适量饮用，有助消化。

咖啡具利尿作用，可提高排尿量，使上厕所次数增加。咖啡也是一种快速通便剂，咖啡刺激肠胃激素或蠕动激素所导致，不过其通便效果只有在早晨饮用时才有效，其他时间效果不大。

咖啡因作为一个药品时，可以加强某些止痛剂的效果。咖啡也是止偏头痛的良品，但只能偶一为之，不过喝咖啡治偏头痛，最好在前兆即喝，因为喝入 10 至 30 分鐘才能发生作用。

咖啡因有助于在运动时，使运动乏值降低，增加身体的敏捷度，使运动员创造较好的成绩。