说到西游记的谜团，实在是太多，其中最大的一个谜团，就是菩提祖师的本来面目，真实身份是谁？关于这个问题，古往今来，众说纷纷，笔者总结，不外乎以下几种说法。

第一，说菩提祖师是如来佛祖，他教孙悟空，就是为了后来的西天取经。第二，说菩提祖师是太上老君，因为太上老君几次救孙悟空于水火之中。第三，说菩提祖师是盘古大帝，因为孙悟空是盘古的老朋友，混沌石。第四，说菩提祖师是观音菩萨，因为观音给八戒老沙取名，都带“悟”字。第五，说菩提祖师是玉皇大帝，因为玉帝三番五次饶恕孙悟空。

其实，笔者认为以上几个说法都不是。原著中有线索，指明菩提祖师的身份，另有其人。

在原著第四回《官封弼马心何足，名注齐天意未宁》中，哪吒奉命前来降服孙悟空，哪吒变出三头六臂，孙悟空也学着变成三头六臂，两人厮杀在一起。在描述战斗场景时，吴承恩说了这样一句话：“

六臂哪吒太子，天生美石猴王，相逢真对手，正遇本源流。

原来哪吒与孙悟空是本源流，也就是说师出同门。

那么菩提祖师的身份，不是太乙真人，就是太乙真人的师傅元始天尊，或者是元始天尊的师傅鸿钧祖师。绝对不是元始天尊或者鸿钧祖师的其他徒弟，否则，就不是本源流，而是本支流。

那么，菩提祖师最可能的是谁呢？

在《西游记》第四十四回 《法身元运逢车力 心正妖邪度脊关》这样写道：

这行者却引八戒、沙僧，按落云头，闯上三清殿。呆子不论生熟，拿过烧果来，张口就啃，行者掣铁棒，着手便打。八戒缩手躲过道：“还不曾尝着甚么滋 味，就打！”行者道：“莫要小家子行，且叙礼坐下受用。”八戒道：“不羞！ 偷东西吃，还要叙礼！若是请将来，却要如何？”行者道：“这上面坐的是甚么 菩萨？”八戒笑道：“三清也认不得，却认做甚么菩萨！”行者道：“那三清？” 八戒道：“中间的是元始天尊，左边的是灵宝道君，右边的是太上老君。”行者 道：“都要变得这般模样，才吃得安稳哩。”那呆子急了，闻得那香喷喷供养要 吃，爬上高台，把老君一嘴拱下去道：“老官儿，你也坐得彀了，让我老猪坐坐。” 八戒变做太上老君，行者变做元始天尊，沙僧变作灵宝道君，把原像都推下去。

这里，行者变做“元始天尊”，影含着崇拜的祖师是就是元始天尊。

再者，孙悟空一行偷吃人参果。人参果的主人镇元子找上门讨要说法，孙悟空向菩萨求救，而法力无边地位尊贵的观音菩萨反责怪孙悟空得罪了地仙之祖镇元子，连他都要礼让三分的神明，孙悟空怎能轻易惹怒。就在这时，这位比菩萨地位更尊贵的镇元子，收到元始天尊的讲道请帖后，不敢怠慢立刻动身，既说明元始天尊的地位之高，也说明真“菩提祖师”暗中对悟空的保护。

还有，在孙悟空大闹天空时，元始天尊并没有出现，一种说法是除非无法挽救，否则元始天尊这样的圣人不可轻易出手。另一种说法则是元始天尊恰巧闭关修行，不知大闹天宫一事。实际上，元始天尊对于天庭这样的大事怎会不知？之所以没有出现，说明祖师对宽容弟子。

孙悟空从菩提祖师学得法术后，曾将天庭搅了个一塌糊涂。但是，孙悟空没有学会菩提更为高深的法术——解空之术。“解空之术”是菩提最为擅长法术，因为悟"空"是进入涅盘的重要法门，只有悟“空”，才能“涅盘成佛”。

事实上，在孙悟空前来拜师之时，菩提就已经将这个法术交给了猴子。

菩提祖师一开始就希望孙悟空能够看破一切，涅盘成佛。如果孙悟空真的将解空之术修炼成功，那么也不会有后来的大闹天宫，更不会有后来如来佛祖出手的机会。只不过因孙悟空野性难驯，解空之术又太过艰涩难懂，所以在菩提所教的四个法术里，只学会了地煞七十二变和筋斗云之术而已。

在《西游记》中，菩提祖师教有关法术后，再也没有出现，他的真正身份应为“元始天尊”。