质量控制是用于评价样本和基因分型芯片的基因型性能的操作，在实验中存在很多影响因素，如DNA降解、加样错误或是芯片杂交失败等，因此在下一步基因型分析之前评价实验性能是很重要的。同时，确定和排除那些很有可能确实或者错误分型的SNPs是十分重要的。

（1）样本检出率（sample call rate）:是指对于某个样本而言，通过测序并成功判型的SNPs与所有检出的SNPs的比值，通常的标准应当在80%或90%以上。

（2）杂合性程度（heterozygosity）:这个参数过高即被排除，因为过高的杂合说明样本可能被污染，从而导致杂合基因型数目不相称，通常标准应该控制在23%-30%之间。

2、单核苷酸多态性的质量控制

（1）SNP检出率（SNP call rate）:指对于某一个SNP位点，被成功检测到的样本与所有样本的比值，一般要求在90%以上。

（2）较小等位基因频率（minor allele frequency, MAF）：对于那些MAF较小的SNPs，能得到的信息量较少，而且目前GWAS对这些SNP的检出效能也不高，通常要求MAF在3%以上。

（3）哈代-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium, HWE）检出，HWE有助于确定那些有明显基因分型错误的SNPs，因此一般要求位点SNP的等位基因频率符合哈代-温伯格平衡。