代谢的研究方法主要是中间代谢的研究方法。最有效和最常用的方法是同位素示踪法。

一、苯环化合物示踪法

是在同位素被应用以前，1904年，德国的弗朗茨·克诺普用动物不能利用的苯甲酸和苯乙酸作示踪，从而发现脂肪酸从羧基基末端开始，每两个碳链断裂，并提出了脂肪酸β-氧化学说。苯甲酸和苯乙酸在动物体内跟甘氨酸结合,分别在尿中排泄出马尿酸和苯乙尿酸。以下列出化学反应式，表明脂肪酸的β-氧化过程。

当饲犬以苯丁酸，经β-氧化后得苯乙酸，跟体内甘氨酸结合后，排泄苯乙尿酸。

二、稳定同位素示踪法

同位素是指原子序数相间，在元素周期表上地位相同，因而化学性质相同，但质量不同的元素；它们是质子数目相同，而中子数目不相同的原予。这种元素称某元素的同位素。天然的同位素都是稳定同位素、常用的稳定的同位素有重氢（符号为²H或D)、¹⁵N、¹⁸O和¹³C。这些稳定同位素在自然界跟同位的元素的比例如下：

我们首先需要浓缩这些比例微小的稳定同位素；并用以标记化合物。例如α-氨基酸的α-氨基，用¹⁵N标记为a-¹⁵NH₂。测定含有¹⁵N的代谢物，须用质谱测定计，氮转化为气体，质量28 (¹⁴N¹⁴N)质量29(¹⁴N¹⁵N)被测定。至于重氢的测定比较方便些，将含有重氢的代谢物燃烧后，测定重水，D₂O。

三、放射性同位素示踪法

放射性同位素要比稳定同位素更便于应用。放射性同位素可用人工方法制得。它们有一定的半衰期，是不稳定的同位素。常用的放射性同位素有氚（³T或³H）、碳14、磷32、硫34和碘131。可以列出一些反应式，说明用人工方法制得放射性同位素。

例一  放射性碳14，用中子轰击氮获得。同时附属物为质子。

例二  放射性磷32，用中子轰击氯取得。同时附属物为氦核（⁴He₂）。

放射性同位素被广泛应用于中间代谢的研究，举例如下：

柠檬酸的三个羧基的来源问题，可用¹⁴C来标记乙酸。具体的反应式如下：

上式表明柠檬酸有一个羧基来自乙酸，这标记的羧基在α位置上。

通过这一资料的学习，笔者也找到了关于探究DNA半保留复制过程中¹⁵N标记的问题——¹⁵N本身并没有放射性，仅仅是用了密度上的差异做文章。