一些等位基因由于所含有的内含子不同，因而重组交换也不同，内含子的转移就是在这种重组交换中被发现的。在真菌线粒体中，这种含有和缺失内含子的多态性是很常见的，这与内含子起源于基因中插入的DNA序列这个观点相符。在酵母线粒体中，对于大rRNA基因的重组交换分析进一步解释了这过程。

这条基因中含有可以编码蛋白质 的I类内含子，该内含子在一些酵母菌株(ω⁺)中存在,在另一些菌株 (ω^—)中则不存在。ω⁺菌株与ω^— 菌株之间的遗传重组具有极性：即后代通常都是ω⁺菌株。

如果我们将ω⁺菌株作为供体，ω^—菌株作为受体，就可以形成这样 个观点：通过命ω⁺×ω^—接合，在ω^—基因组中产生了一份新的内含子拷贝，所以后代都是ω⁺菌株。

在两种亲本中都可以产生没有遗传极性的突变体。突变体正常分离，产生同等数量的ω⁺和ω^—后代，而突变则显示出这个过程的本质。ω^­—菌株中的突变发生在将要有内含子插入的位点处，ω⁺菌株中的突变则发生在内含子的读框中，并会阻止蛋白质的产生。这说明了一种反应模型（如图）：ω⁺菌株中的内含子所编码的蛋白质识别ω^—菌株中内含子将要插入的位点，使带有内含子的ω^—菌株优先遗传。

这种切割与转座子的切割属于同一类型。DNA双链断裂启动了基因的转换过程：ω⁺基因序列先经过拷贝然后代替了ω^—基因序列。这种反应通过一种复制机制参与转座，而且只能在DNA水平上发生。内含子的插入打断了核酸内切酶的识别序列，这样就保证了DNA的稳定性。

另一种含有读框的类内含子也是可移动的。内含子一直被遗传下去的普遍机制似乎都是一样的：内含子编码核酸内切酶，核酸内切酶切割即将插入内含子的专一性的靶位点。但是在插入的具体过程中却又一些不同之处，例如，T4噬菌体td内含子编码的核酸内切酶切割的靶位点在内含子插入位点的上游24bp处。

在不同的细菌和低等真核生物中都发现了编码核酸内切酶的内含子。