组织细胞的新旧更替并保持相对的稳定，是动物体生命活动的基础。人体内每天都有数以亿计的细胞发生自然死亡，这些细胞必须被迅速清除从而避免死亡细胞的内容物外流而导致结构与功能紊乱。承担清除工作的是一些专职的吞噬细胞，如巨噬细胞和未成熟的树突状细胞，其他如内皮细胞、间质细胞等也参与这个过程。

由基因控制的细胞程序性死亡是细胞死亡的主要方式，也称为细胞凋亡。细胞发生凋亡的早期，释放特定的化学信号。吸引、招募周边的巨噬细胞、树突状细胞向其迁移。吞噬细胞通过其表面受体对凋亡细胞的碎片进行识别、吞噬，在溶酶体内降解成氨基酸、核苷酸、脂肪酸和单糖等基本生化分子，重新参与构建新的生物大分子。对凋亡细胞的吞噬和降解通常会抑制其他免疫细胞的参与，从而避免免疫系统对细胞内的蛋白质抗原产生免疫反应。