文章译自 Jari Okanen. Multivariate Analysis of Ecological Communities in R: vegan tutorial. October 30, 2011.

仅用于学习、交流，如有谬误，欢迎指正，多谢！

摘要

本教程演示了使用R软件包vegan中的排序方法。使用者应熟悉R软件和群落排序。vegan软件包提供了全部基本排序（ordination）方法，包括非度量多维度标度变换（non-metric multidimensional scaling）。约束排序法（constrained ordination methods）包括受约束的渐进分析（constrained analysis of proximities），冗余分析（redundancy analysis），和受约束的对应分析（constrained correspondence analysis）。vegan软件包同时支持环境变量拟合和制作排序图。

概述

本教程演示了生物群落多元排序分析的典型工作流程。首先讨论了无约束分析基础和分析结果环境条件的说明。然后例举如何使用受约束的排序对应分析进行受约束的排序：备选方法有受约束的渐进分析和冗余分析，二者用法（近乎）相似。最后给出了物种与环境之间关系的非排序分析方法，简要探讨了群落分类。

本教程中的实例经过了检验——这是Sweave文档，原始材料中仅包括本文文档和R命令——当运行Sweave时就会输出结果和图件。但是，你可能需要最新的版本的vegan软件包。该文档是用vegan2.0-1版生成的，对应的R版本为2.14.0RC（2011-10-29 r57474）。

本手册只涵盖vegan软件包中的排序方法，不包括其他方法，例如分析生物多样性（多样性指数），推断种丰富度，种累积曲线，种丰富度模拟，等等。vegan也不是唯一用于生态群落排序的R软件包。R基础软件包中有标准统计工具，labdsv就可以作为vegan的补充，它具有高级方法，能提供一些备选的方法、模式，而ade4则提供了gamme（全序列）排序法。

本教程中只解释了最重要和经典的一些方法和工作流程。我认为排序首先是一种图形工具，因此没有给出太多精确的数值结果，而是给出了不少用plot命令制作的图件。建议读者重复这些分析，试试不同的方法检查你的结果。对函数也只做了简要解说，详情还需读者去查阅相关的帮助文档。至于排序方法，最好去查看一下教科书，或者前面的理论背景介绍部分。