主要剧情：永欣大婚，小燕子悲痛欲绝，离开了皇宫。箫剑师弟闻讯，进宫为小燕子报仇，不幸被捕。吞下了砒霜，常太医负责治疗。箫剑的师弟为了保护箫剑，央求常太医将他治死。不想被老佛爷抓住把柄。其中牵涉到了永琪和他的朋友。小燕子为了保护常太医和永琪的朋友，甘愿顶罪，喝下三步倒。死在了慈宁宫。
        在永琪和欣荣还没有宣布婚事前，小燕子就和常太医学习医术，学得青出于蓝而胜于蓝。后来由于愉妃以死相逼，永琪不得不娶了欣荣，小燕子听说了这个消息后悲痛欲绝。正在这时，永琪来了，小燕子说：“你快回去，不然欣荣又该兴师问罪了。”永琪没说话，一把将小燕子压在了身下。一夜缠绵。过了几个月，小燕子怀孕了，十个月后，小燕子生下了三个孩子，绵恒，绵恺和南儿。小燕子将三个孩子交给了尔泰和赛娅（此时尔泰和赛娅已经回到京城）。小燕子对赛娅说：“赛娅，我把三个孩子交给你了，希望你好好抚养他们，我该离开了。”随即对紫薇说：“紫薇，我不是一个好姐姐，请你告诉永琪，我不怪他。”说完离开了皇宫。紫薇把这件事告诉了乾隆，乾隆命令御林军寻找，但是毫无结果，欣荣说：“小燕子已经走了，现在你是我的。”永琪一把推开，说：“要不是你，小燕子不会走。”气冲冲的走了。欣荣想小燕子，我不会放过你的。
        小燕子离开了皇宫后去了大理，此时箫剑不在，他的师弟陆明听说了这件事，非常气愤，发誓要为小燕子报仇，小燕子苦劝不听。这时三年后小燕子通过拜访名师已经变得文武全才了。陆明对小燕子说：“我把你送进宫，去接近老佛爷。我去刺杀愉妃欣荣。”小燕子无奈答应。这时是乾隆的生日。忽然台上落下一个女子翩翩起舞，正是小燕子。这时有个侍卫慌慌张张的跑来，说：“不好了，愉妃和欣荣遇刺了。”老佛爷一惊问道：“伤的怎么样？凶手抓到没有。”侍卫说：“他叫陆明。他现在已经吞下了砒霜。”老佛爷说：“叫常太医治好他，我要知道他的幕后主谋。”常太医和小燕子不敢怠慢，来到死囚牢，见到了陆明，常太医把脉后对陆明说：“米醋和豆汁我都带着，你喝下就好了。”陆明摇摇头说：“不，我求你把我治死。”常太医说：“绝对不行兄弟，我只会救人不会治死人。”陆明说：“你也知道，老佛爷怀疑小燕子身世，你今天把我救活，我受不住酷刑，把小燕子哥哥招出来，要知道箫剑是小燕子的唯一亲人。”常太医勉强答应了。
        这天晚上，常太医熬着药，小燕子看着药，问道：“师傅，药都熬得了，怎么还不拿。”常太医说：“还有一味药没放。”打开纸包，小燕子闻了闻，大惊失色，说：“这是雄黄，它要是和砒霜碰在一起。陆明必死无疑。”常太医摆了摆手，将雄黄倒入药中。和小燕子来到死囚牢，常太医对陆明说：“陆大哥，你的药来了。”陆明一饮而尽，随即死在了牢里。
       这时，老佛爷听说陆明死了，让桂嬷嬷检查了药渣，将常太医叫到了慈宁宫问话，消息传到了永琪耳朵里，永琪要为常太医顶罪，小燕子说：“不行，熬药的时候你不在，老佛爷不会相信你的。还是我去，常太医不能死，他要是死了，常太医的医术就失传了。”说完，就向慈宁宫走去，见到了老佛爷，说：“陆明是我杀死的，和常太医没有关系。”老佛爷问小燕子：“你是怎么杀死他的。”小燕子说：“本来我离开皇宫后生活的好好的，陆明非要把我再弄进宫来，弄得那些对我有敌意的人对我虎视眈眈。”愉妃说：“你说谎，你想用金蝉脱壳帮常太医脱罪。”老佛爷制止了愉妃问道：“那你是怎么杀死他的。”小燕子说：“我趁常太医不注意的时候将雄黄倒进了药里。”随即话锋一转对桂嬷嬷说：“你能分得出雄黄的药渣，那天底下的人渣你怎么就挑不出来，桂嬷嬷，你就是那天底下第一人渣。”桂嬷嬷气的说：“你大胆，你又不懂药理。”小燕子冷笑着说：“我跟师父学了那么长时间。闻都闻出来了。”随即对老佛爷说：“你说话算话，您把常太医放了吧。”老佛爷说：“好，将常太医无罪释放。”愉妃阻止说：“老佛爷，凭着这个女人的一面之词你就放了常太医，这不大合适吧。”老佛爷说：“愉妃，哀家都答应了小燕子。你不想哀家变成一个失信的人吧。”随即说：“来人，将小燕子打入死牢。”小燕子大喊：“慢着，陆明是我杀死的，我一命抵一命。”说完拿出三步倒就喝了下去。愉妃抢过瓶子，大惊：“她喝了三步倒。”永琪赶来看见小燕子倒了下去。抱着小燕子哭着，喊着“夫人。”欣荣赶来看见此景，却并没有复仇后的快感，相反她十分难过。于是她对老佛爷说：“请老佛爷让永琪修了欣荣。”此言一出，老佛爷问为什么，欣荣说：“小燕子能为亲人朋友两肋插刀，这是欣荣没有的。”于是老佛爷解除了欣荣和永琪的婚姻。随后欣荣嫁给了回疆王子。生活美满。
        过了几天，乾隆要封永琪为太子，永琪没有同意。于是永琪去蒙古接回了小燕子的三个孩子。带着小燕子的骨灰回到了大理，他将小燕子葬在了大理。随后乾隆宣布永琪去世。在大理，永琪含辛茹苦抚养三个孩子长大。有趣的是，当三个孩子都成了家的时候。永琪却没有再娶。因为他忘不了小燕子。end