唐宪宗元和七年，惠昭太子去世，当时，遂王为嫡出，沣王为庶长。宪宗想立沣王为东宫，诏崔群给沣王作让表，崔群上言道，“按照皇家立东宫太子的祖制，大凡自己合乎皇家规制，则有陈让的仪式。自己不合乎皇家规制，作什么让表？今遂王为嫡长子，按皇家立东宫太子的族制，宜为东宫太子。”宪宗听从了崔群的分析，立遂王为东宫太子。当时，魏博节度使田季安进奉绢五千匹，以朝廷的名义助修开业寺。崔群认为，此事实无名，尤其不合乎朝廷体制，请求宪宗不接受这次进奉。崔群处理朝事果断，且前后所论符合宪宗的思路，每次都采纳崔群的建议，迁礼部侍郎。崔群选拔才行，咸为公当，转任户部侍郎。

元和十二年七月，拜中书侍郎、同中书门下平章事。元和十四年，朝廷诛杀李师道，李师古（李师道的哥哥）的家属受到株连。宪宗对宰相崔群说，“李师古虽然私自承袭了其祖父李正己的平卢淄青节度使之位，但朝廷对李师古始终如一，没有怪罪他。他的妻子对于李师道来说，只是叔嫂关系。虽然李师道大逆不道，当诛，但就李师古家属而言，获罪应有区别啊！”崔群答道，“圣上仁爱有恻隐之心，罪止元凶，不罪及其亲属，就像阳光普照大地一样，温暖百姓的心！”。于是，宪宗下诏，释放李师古的妻子裴氏、女儿宜娘，并在邓州安置一家，还其奴婢资产。还有盐铁福建院官权长孺贪赃枉法，诏付京兆府决杀，权长孺的母亲年迈，并只有这一个儿子，乞求皇上留他一条命，为母养老送终。宪宗想赦免权长孺以养其母，于是，就和宰相崔群商议。崔群对宪宗说，“陛下可怜其母老无所养，宜即迁使谕旨，晚了就来不及了！”于是，权长孺免死。崔群启奏持平宽仁，都属于这一类。因此，崔群经常对皇上讲，处理朝政“无情，则是非曲直容易辨别清楚，有情，则持平此事就难申了。孔子众好众恶，浸润肤受的说法就不难理解了。有情的条件下确实难辨！若陛下对各级官吏，择贤而任，待之以诚，纠之以法，则人人纠正规范自己的行为，而不敢欺瞒朝廷，也就没了难辨之事。”帝韪其言。

唐宪宗急于肃清“安史之乱”后动荡的社会环境，诏藩府进奉钱财以弥补军费的不足。于是，皇上就多奖励进奉较多的藩府大臣。时间长了，藩府大臣在进奉钱财时，就夹杂对朝廷的某种不正当的诉求。处州刺史苗稷进羡钱七百万，崔群议为有违诏之嫌，受之则失信于天下，请求宪宗皇帝赐还处州刺史苗稷，代为处州百姓赋税。成为当时的美谈。

度支使皇甫鏄幸于帝，就阴结权贵，想谋求宰相之职。崔群屡次上疏，告诉皇甫鏄的奸邪，同时，和皇甫鏄面对面的争论。用天宝、开元年间发生的事，告诫皇上用人的重要性。崔群指出，朝廷的“安危在出令，存亡系所任。过去玄宗励精图治，掌握民间疾苦，又得到姚崇、宋璟、卢怀慎辅助，施以德政。再加上苏颋、李元紘孜孜守正，则开元为治，开创开元盛世。后来安于逸乐，远正士，昵小人。故宇文融以言利进，李林甫、杨国忠怙宠朋邪，则天宝为乱，出现安史之乱。愿陛下以开元为榜样，以天宝为戒，这是百姓社稷的福气。”又言于皇上“大家都知道，安禄山造反，有治乱分时。臣以为开元二十年罢贤相张九龄，专任奸相李林甫，治乱自此以分矣！”崔群言辞激切，左右大臣都为之感动，皇甫鏄却诬陷崔群借古讽今，在讽刺当今皇上。宪宗听信皇甫鏄谗言，任皇甫鏄为宰相。群臣会商上帝封号，皇甫鏄主张兼用“孝德”为号，崔群认为，“睿圣”含“孝德”之意，不必加“孝德”。宪宗不乐。罢相出任湖南观察使。

唐穆宗即位后，召崔群为吏部侍郎。数日，拜御史大夫，又任检校兵部尚书，充武宁节度使。后左迁秘书监，分司东都。改任华州刺史，历宣歙池观察使，进兵部尚书。后不久改任检校吏部尚书，出为江陵尹、荆南节度使，一年后，检校右仆射，兼太常卿。大和五年，拜检校左仆射，兼吏部尚书。大和六年卒，享年六十一岁。册赠“司空”。崔群对事物的认识深刻，处事公正，生活俭朴，是当时著名的贤相。在他的家乡武城县，历代崇祀乡贤。明、清《武城县志》载之。