蛋白质晶体分辨率大小的意义
(2014-01-09 17:11:38)
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分辨率在蛋白质晶体结构中定义：可以分辨二个平面的最小距离。分辨率对模型的建构所造成的影响可以直接由电子密度图看出，在低分辨率(~6 Å
)时，只能观察到由α螺旋(α-helix)所形成的圆柱形密度图；随着分辨率提高(3 Å ~ 2 Å )
，主链与支链结构就会出现，但个别原子仍无法由密度图中看出，除非分辨率可以达到1.0 Å
或更高的分辨率。蛋白质结构所能达到的分辨率主要取决于晶体内分子排列的整齐程度。小分子晶体内并没有太多的水分子，所以常能得到分辨率高于0.5
Å
的绕射数据。但因蛋白质结构由长的侧链所组成，其间又是由较弱的氢键及范德华力所维系，造成蛋白质结构富有弹性，蛋白质分子与分子的堆栈也就没有那么整齐，同时分子与分子之间的空隙由水分子来填补，也因这些空隙的水分子排列比较紊乱，所以蛋白质晶体绕射出的结果，仅有少数高分辨率晶体，一般蛋白质晶体结构的分辨率约在2.0
至3.0 Å 之间。也有人这样认为如3.0 Å，表示蛋白质氨基酸构象的变化范围如果超过3.0
Å就不能确定结构了
解析不同分辨率的蛋白质结构中可能出现的问题（X射线晶体学）
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结构中可能出现的问题
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>4.0
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单个原子坐标无意义
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3.0 - 4.0
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整体折叠可能是正确的，但很可能有错误存在。很多侧链摆放位置不正确。
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2.5 - 3.0
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整体折叠基本是正确的，除了位于结构表面的一些环状结构可能没有正确建模。长侧链的极性残基（Lys、Glu、Gln等）和小侧链残基（Ser、Val、Thr等）的侧链摆放位置有可能不正确。
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2.0 - 2.5
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与2.5 -
3.0类似，只是出现错误的情况更少。可以明显观察到水分子和小配基。
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1.5 - 2.0
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基本没有错误的侧链摆放位置，甚至一些小的错误也可以被检测到。整体折叠，包括位于结构表面的环状结构，基本不可能出现错误。
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0.5 - 1.5
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在这一分辨率下，一般不会有结构错误。侧链异构体库和立体几何研究都是利用这一分辨率范围内的结构来进行的。
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