RMSD(均方根偏差)的计算公式为：

http://s3/bmiddle/ac9237344caa4f938fd22&690

n代表原子数。RMSD一般情况下用来表示蛋白质结构之间差异的参数，是两个结构之间原子位置的 RMSD。 我们可以通过计算 RMSD 来评估蛋白质结构的可信度，如在模拟过程中，分子会不断的发生变化，而对于我们而言，必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation较小时)再进一步进行分析，这样才比较有意义。RMSD 距离函数，以一个结构中的原子与另外一个结构中对应原子为计算标的。如果两个分子在座标系统中以不同的位置开始计算，那么不管其结构是否相似，这两者之间的 RMSD 必定相当大。所以，为了要计算有意义的 RMSD ，两者的结构要尽可能的重叠，但对于docking而言，如果有reference ligand，一般不需要额外的重叠，否则会有伪造数据之嫌。计算RMSD时，可以针对目标蛋白质(如: 所有的原子、骨干部份或只考虑 alpha 碳原子等等)。不同的标准，计算RMSD的数值会有所差异。

RMSF（均方根涨落）计算公式：
http://s14/bmiddle/ac9237344caa5223115dd&690
T表示采样的时间点数。它的定义就是：你取定时间段进行采样，对每个原子（注意这里是每个原子，不是每个residue）求出这段时间内的平均位置，然后对这个时间内该原子所有点求原子位置相对于平均位置偏离的方均差。

总之，RMSD是指整体结构在模拟过程中的动态变化，可以判定整个蛋白的稳定性高低，而RMSF是指某一帧构象相比于平均构象，每个氨基酸的均方根位移，以此来判定蛋白某个区域的柔性高低。