打分函数分三类：

一、基于力场的打分函数：只考虑热焓对能量的贡献，不考虑熵对能量的贡献。多采用标准力场如amber，charMm力场的非键相互作用部分将蛋白-配体结合自由能近似为范德华作用能和静电作用能的加和。如DOCK程序中采用amber的能量函数。

二、基于经验的打分函数：用多元回归的方法拟合各种物理参数对结合自由能的贡献。认为结合自由能可通过多种不同作用加和来解释，权系数可通过已知结合能的蛋白质-配体训练集来获得。

三、基于知识的打分函数：用统计力学方法通过已知蛋白质-配体结构，利用Boltzmann规则将源自对距离的概率分布转化为与距离相关的受体-配体原子对之间的作用能。

不同软件中不同打分函数的原理示意图如下

http://s11/middle/ac9237344c885b403c89a&690

常用分子对接软件

http://s16/middle/ac9237344c885b21a6e5f&690