寺主是第六世嘉木样呼图克图，其他领导人包括八大堪布、四大赛赤。拉卜楞寺在历史上号称有108属寺(其实要远大于此数)，是甘南地区的政教中心，拉卜楞寺保留有全国最好的藏传佛教教学体系。

释迦牟尼佛殿，位于弥勒殿西边，仿拉萨大昭寺修建，亦为馏金铜瓦屋顶，俗称“小金瓦寺”。该殿高三层，二层内供有释迦牟尼佛像，两侧有两根铜质龙柱，释迦牟尼佛像顶供有释迦金佛，高约0.7米，是第一世嘉木样从西藏本堆地方迎请来的，殊为珍贵。第三层为嘉木样护法殿，殿前为图丹颇章，系历世嘉木样坐床和举行其它隆重仪式典礼的地方。

拉卜楞寺下设六大学院，其中一个显密学院，五个密宗学院。分别为闻思学院（属于显宗）、时轮学院、医学院、喜金刚学院、续部上院、续部下院。拉卜楞寺将一年划分为九个学期（四年大学期、二年中学期、三年小学期）。大学期，每学期为一月；中学期，每学期为二十天；小学期，每学期为十五天。

拉卜楞寺的属寺总称108寺，实际不止此数，其中甘肃境内有66寺，青海境内6寺，四川境内21寺，内蒙古境内7寺，西藏境内5寺，山西1寺，北京1寺。

这些寺院都是拉卜楞寺的子寺，但它们与拉卜楞关系之密切程度不同，基本上有三种形式。第一种政教两权统属拉卜楞寺院管理，并由拉卜楞寺院派“更察布”（代表）,“吉哇”,法台管理该寺及所属部落的一切政教事务；第二种教权属于拉卜楞寺管理，由拉卜楞寺派法台或经师、僧官、更察布，只管理教务，不管政务；第三种在宗教上有着密切关系，但拉卜楞寺不直接管理其政教事务。

拉卜楞寺被誉为中国佛教文化明珠。到此旅游的人与日俱增，因为在这里不仅能领略到藏族风格的庙宇建筑，体验浓厚的宗教神韵，还能品尝到独特的拉卜楞寺藏餐。

要想吃到真正的藏餐，还得在拉卜楞寺食堂里。食堂设在寺院的中心位置，餐厅宽敞明亮，中间被隔成两半，一半是僧侣用餐，一半是为游人服务。在这里可以品尝到一顿香醇美味的藏餐。

拉卜楞寺院的建筑粗犷大方，古朴典雅，稳坚耐用。大型佛殿顶部，均有铜质鎏金法轮、阴阳兽、宝瓶、胜幢、雄狮等。部分殿堂的屋顶有鎏铜瓦和绿色琉璃瓦。整个建筑庄严巍峨、宏伟壮观。雕梁画栋，金碧辉煌，气势磅礴，具有藏民族独特风格。