生命的遗传信息存储于 DNA序列之中，高等生物每一个细胞的全部DNA构成了该生物体的基因组。基因组DNA序列的变异是物种遗传多样性的基础。尽管在生命信息的传递过程中DNA能够精确地自我复制，但是许多因素也能引起DNA序列的变化，造成个体之间的遗传差异。单个碱基的替换、DNA片段的插入、缺失、易位和倒位等都能引起 DNA序列的变异。 

    利用现代分子生物学技术揭示DNA序列的变异（遗传多态性），就可以建立DNA水平上的遗传标记。从1980年人类遗传学J.G.K.Botstein等首次提出DNA限制性片段长度多态性作为遗传标记的思想及1985年PCR技术的诞生至今，已经发展了十多种基于DNA多态性的分子标记技术，这些DNA标记技术综合起来可分为以DNA杂交为基础的和以PCR为基础的以及PCR技术和限制性酶切技术相结合的几种类型。显然，检测DNA水平上的遗传变异最精确的方法是直接测定 DNA序列，通过对测定的 DNA序列进行分析比较，即可揭示生物体间在单个核苷酸水平上的遗传多态性。基于这一原理，最近发展了SNP标记，即单核苷酸多态性标记，应用前景十分美好。

    依据对DNA多态性的检测手段，DNA标记可分为四大类：

    第一类为基于DNA-DNA杂交的DNA标记。主要有限制性片段长度多态性标记(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)、可变数目串联重复序列标记(Variable Number of Tandem Repeats, VNTR)、单链构象多态性RFLP(Single-Strand Conformation Polymorphism-RFLP, SSCP-RFLP)等；

    第二类为基于PCR的DNA标记。主要有随机扩增多态性DNA(Randomly Amplified Polymorphic DNA, RAPD)，简单重复序列(Simple Sequence Repeats, SSR)，简单序列重复间区（Inter Simple Sequence Repeats, ISSR）,测定序列标签位点(Sequence Tagged Site, STS)，表达序列标签(Expressed Sequence Tag, EST)，特征性片段扩增区域(Sequence Characterized Amplified Region, SCAR)；

    第三类为基于PCR与限制性酶切技术结合的DNA标记。主要有两种，一种是扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorohism, AFLP)，第二种是酶解扩增多态顺序(Cleaved Amplified Polymorphic sequence, CAPS)；

    第四类为基于单核苷酸多态性的DNA标记。主要是单核苷酸酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)。

各类常用分子标记的特点和应用如下：