砂糖产业在随后的一百年间没落。到十七世纪中叶，圣多美只是一个补给船只用的停靠港而已。十九世纪早期，引进了两种经济作物：咖啡与可可。当地肥沃的火山土壤特别适合这些新的经济作物，于是出现了许多庄园（葡萄牙语：roça）。由葡萄牙公司或是不在当地的地主所拥有的庄园几乎占据了当地所有好的农田。到了1908年，圣多美成了世界最大的可可产地，可可到现在还是该国最重要的作物。
   中华人民共和国在1975年7月12日曾同圣多美和普林西比建交，在曼努埃尔·平托·达科斯塔第一任期时，双方一度关系友好。但1991年米格尔·特罗瓦达任总统后，与中华人民共和国日益疏远。

1997年5月6日，圣普宣布与中华民国建交。1997年7月11日，中华人民共和国政府决定中止同圣普的外交关系。

2013年11月13日，圣多美和普林西比与中华人民共和国恢复了中断16年之久的经贸往来。

中华民国总统马英九于2014年1月，当地时间24日下午抵达圣多美和普林西比，圣国总统亲自到机场迎接，不过马英九的出访专机降落前，在圣国上空盘旋了二十分钟才落地，一度传出是因为圣国总统迟到，因此专机被迫延迟降落。
 

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