1)港口间存在利益纠葛 
    威海物流公司这首先表现为两港合并的法律问题。南通物流公司按照《港口法》中规定的“一市一港”原则，宁波不能拥有两个港口，而舟山港和宁波港又分属两市，所以一体化实际上跟现行法律并不一致。其次，把港口一体化落到实处时将会碰到诸如海事、商检、海关等港口部门合并、协调等体制问题。
    2)港口管理需要磨合沟通              北京到武汉物流专线
    宁波—舟山港一体化发展，不可避免的面临港口管理的地域范围扩张、管理内容增多和人员复杂等问题。虽然宁波—舟山港管理委员会在港口的规划管理、深水岸线的有序开发和港口的生产经营秩序等方面进行具体负责。但委员会的作用能否有效发挥，还有待验证。
    3)港口的集疏能力较差和腹地不足
    虽然对杭交通比较畅通，甬台温、甬金衢高速公路、杭州湾大桥等工程已经完工，但宁波—舟山港的集疏运能力仍有待加强。此外宁波—舟山港存在着的腹地不足问题，在大小洋山港、温州港等的竞争和打压下，显得更加突出。 
    4)物流联盟程度低
    港口物流的信息系统利用率不高。各港口物流业基本上处在无序竞争状态，码头前方装卸与后方仓储、运输不协调。尤其是后方仓储，运输业规模小，多数仍为粗放式经营，物流信息管理和技术手段较为落后。 
    5)港口物流专业人才匮乏
    宁波—舟山港，特别是原舟山港，物流专业人才极其匮乏，而且普遍缺乏现代物流意识，这同时导致了专业化物流服务方式有限，港口物流企业的经营管理水平善待提高。