实时荧光定量PCR检测费120元/样本

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荧光定量pcr引物实时探针 |
分类: 荧光定量PCR |
http://s15/mw690/002ZF4cqgy6HdJG4DWm5e&690
http://s5/mw690/002ZF4cqgy6HdJHfUpK74&690
引物设计原则
* 序列选取应在基因的保守区段
* 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免引物自身形成环状发卡结构
*
典型的引物18到24个核苷长。引物需要足够长,保证序列独特性,并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。但是长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性。较长的序列可能会与错误配对序列杂交,降低了特异性,而且比短序列杂交慢,从而降低了产量。
* Tm值在55-65℃(因为60℃核酸外切酶活性最高),GC含量在40%-60%
* 引物之间的TM相差避免超过2℃
* 引物的3’端避免使用碱基A,引物的3’端避免出现3个或3个以上连续相同的碱基
* 为避免的扩增,引物设计最好能跨两个外显子。
* Taqman探针技术要求片段长度在50bp-150bp
* 引物末端(最后5个核苷酸)不能有超过2个的G和C。
探针设计原则
* 探针位置尽可能地靠近上游引物
* 探针长度应在15-45bp(最好是20-30bp),以保证结合特异性
* 检测探针的DNA折叠和二级结构
* Tm值在65-70℃,通常比引物TM值高5-10℃(至少要5℃),GC含量在40%-70%
* 探针的5’端应避免使用G鸟嘌呤――因为5'G会有淬灭作用,而且即使是被切割下来还会存在淬灭作用。
* 整条探针中,碱基C的含量要明显高于G的含量――G含量高会降低反应效率,这时就应选择配对的另一条链作为探针。
* 为确保引物探针的特异性,最好将设计好的序列在blast中核实一次,如果发现有非特异性互补区,建议重新设计引物探针。