问：要设计PCR引物检测富集的DNA片段的话，引物设计在转录起始位点上游多少范围合适？

答：一般是在上下游100-150个碱基左右设计pcr引物的，不知道你这个和别的pcr引物有什么不同，你也可以自己适当加减一些试试，看看下面的那些值，比如是否形成二聚体了，错配等等。

问：已知序列，预测到某个转录因子，ChIP中PCR引物如何设计？ 是否根据已知序列转录因子结合位点两端设计引物，还是只要接近该位点都行？

答：不需要那么精确的，首先你要找到目的基因启动子区，也就是转录起始位点上游2000bp以内（也有说1000bp以内的），理论上说，转录因子就是结合在这段序列上的，，然后你在这段序列上设计引物，你可以在不同位置设计3、4对引物，产物的长度不要太大，基本上是设计在转录因子结合位点两端，长度大概在100-200bp左右。