乙肝病毒变异一般为乙肝表面抗原变异、e抗原变异，以及乙肝病毒DNA聚合酶变异。其中e抗原变异在慢性乙肝患者中比例比较高。目前已经发现的比较重要的变异有以下几种：

一是可以造成乙肝疫苗接种失败的变异;

二是可以导致乙肝“小三阳”慢性乙肝的变异;

三是可以对抗病毒治疗产生耐的变异，后者主要发生在物与病毒结合的位置，当病毒基因发生变异时，这些结合位点的空间结构发生改变，物与病毒的结合能力下降，因而导致病毒耐。