在南京儒学文化中心夫子庙大成殿后，历史上有一眼著名的古井，俗称“玉兔泉”，因其与秦桧有关，故而一直藏而不露，直至二十世纪八十年代末，为全方位恢复夫子庙儒学文化中轴线，才适时恢复旧观，供人瞻仰。

　　被称为“东南第一学”的夫子庙学宫，历经东晋、南宋、元朝、明朝和清代五个朝代，文天祥、吴敬梓、孔尚任、林则徐、李鸿章等安邦治国名臣、文学艺术家，都曾在该学宫或学习受训，或担任教官等。“玉兔泉”曾是学习、生活在学宫的学子、秀才们的唯一取水之所。

　　据《至正金陵新志》记载，“玉兔泉”乃秦桧发现并挖掘。据传，秦桧在夫子庙学宫学习生活时，一晚看见一只白兔入地，便派人到该处挖掘，挖到一丈深处，发现一井眼，井水清澈。秦桧考上状元后，派人回学宫开凿造井，并题写篆书“玉兔泉”。明开国功臣刘伯温曾撰写《玉兔泉》文，记载秦桧开凿造井故事，并作铭文，为“玉兔泉”鸣冤：“桧死为蛆，泉洁自如；我作铭诗，众惑斯祛。呜呼泉乎！终古弗谕。”意思是不能因秦桧是奸臣，就冤枉“玉兔泉”。由于“玉兔泉”井水清澈透明，水质上乘，学宫内又曾培养和造就了大批经国人才，后人根据“仁者乐山，智者乐水”的古语，把该古井称为“智泉”。

    秦桧虽被大多数人认为是佞臣，却诗文天下，颇擅笔翰，陶宗仪《书史会要》云：“桧能篆，尝见金陵文庙中栏上刻其所书“玉兔泉”三字，亦颇有可观。”有书辑入《风墅帖》。因为秦桧被大多数人认为是千古罪人，因此他本人书法上的成就就被黯淡下去了。相传，宋体为秦桧所创，因其被认为是历史罪人，而未被称为秦体或桧体。

明代开国功臣，御史中丞兼太史刘伯温，被称为明代“三立”第一人。“三立”就是“立德、立功、立言。”刘伯温专门撰写了《玉兔泉》一文，记载了秦桧夜晚发现井和开凿造井的故事，并作铭文，专为玉兔泉水辩冤。“桧死为蛆，泉洁自如；我作铭诗，众惑斯祛。呜呼泉乎！终古弗谕”。意思是说，秦桧是奸臣，但并不能诽谤和冤枉“玉兔泉”本身。玉兔泉水是清晰之水、智慧之水，我要撰写铭文，以此为证，告知大众。

    由于玉兔泉清澈透明，水质上乘，加上学宫内又培养和造就了大批的经国人才。后人根据中国的一句古话“智者乐水，仁者乐山”，把玉兔泉改为“智慧之泉”，又称“智泉”。