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引物合成不再纠结,一篇文读懂合成和纯化

(2017-01-09 15:54:04)
标签:

杂谈

合成引物是很多分子实验都会用到的一种服务,速度和质量是很多老师在选择供应商时的重要考量。

随着广州实验室的投入使用,速度对金唯智的客户来说已不再是困扰。今天,小编带您走进金唯智的生产一线,为您剖析引物合成的两大关键质量因素——合成和纯化。

合成 |刨根问底知原理  


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引物合成是一种化学合成,一般都采用β--乙腈亚磷酰胺化学合成引物,合成时从3’→5’方向进行,通常3’端的第一个碱基结合在CPG (Controlled Pore Glass,CPG)上。

脱保护:脱掉附加在CPG单体上的第一个碱基5’-OH基团上的保护基 (DMTr),准备附加下一个新的碱基。


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活化:活化新的碱基单体 (Phosphoramidite),准备与第一个碱基进行反应。 

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偶联:第二个碱基与第一个碱基发生偶联反应。

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封闭:将没有反应的第一个碱基的5’-OH加帽封死 (Capping),使其不再进一步参与反应。


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氧化:将核苷亚磷酸酯氧化成更稳定的核苷磷酸酯 (即将三价磷氧化成五价磷)。

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重复进行一至五的步骤,直至合成完所需的引物 DNA序列。合成结束后,将引物分子从CPG上切下,再进行进一步的纯化。


纯化 |量体裁衣做选择   

DSL(脱盐)纯化,PAGE纯化,HPLC纯化是目前常会用到的几种纯化方式。建议您根据自己合成引物的长度和后续实验的需要做出合适的选择。

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脱盐(DSL):又称为简易反相柱,氨盐可以被有机溶液洗脱,但不会被水洗脱,能有效的去除盐分,纯度可满足大多分子生物学实验需求。

优点:速度快,价格优,通量大。

缺点:该方法不能有效去除比目的片段略短的引物小片段。


高效液相(HPLC):采用高效液相色谱的原理,对引物DNA进行纯化是一种非常有效的纯化方式,能达到很高的纯度和灵敏度。纯化后,引物的纯度可大于90% 。特别适合用于短链(小于40 mer)引物和修饰引物的纯化。

优点:对纯化短链引物(<40 mer)特别有效。

缺点:成本高,批量生产效率不高。

PAGE纯化:PAGE纯化法是使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,对DNA片段进行分离,然后从凝胶中回收目的DNA的方法。

tPAGE纯化和hPAGE纯化是金唯智针对原PAGE纯化技术进行升级后推出的两种引物纯化方式,可以应用于不同长度类型的引物,纯化效果优于PAGE纯化级别。

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