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路遥说,人生的道路虽然漫长,但紧要处常常只有几步,特别是当人年轻的时候。同样的,科研的道路虽然漫长,但决定成就的只有几点,特别是做实验时是否谨慎。
影响Sanger测序结果的条件有很多,前面已经详细介绍过了单条带稳定的PCR产物的制备,今天为您解析另一个关键因素——如何选择测序引物。
测序引物不能等同于PCR扩增引物,需要满足以下几个条件:
比较 |通用引物优势显
测序通用引物一般是根据载体的元件(启动子、终止子等)选择的,例如常见的通用引物T7即T7启动子,CMV-Forward是由CMV启动子设计的,M13F则是根据lac Z基因得来的。现在常说的通用引物还包括针对某些载体设计的载体引物,例如根据载体的绿色荧光蛋白基因设计的载体引物pEGFP-C-3。
测序公司通常会免费提供一些常见通用引物。这些经过QC验证的引物,质量上有更好的保证。用载体的通用引物测序,可以监测出目的片段是否成功克隆到载体中(是否为空载)。考虑到通用引物的技术和成本优势,金唯智建议您实验中尽可能选用通用测序引物。
一般情况下,PCR产物(尤其是较短的PCR产物)测序结果不理想时,可以将PCR产物克隆到载体中,用载体的通用引物测序。特别是当PCR片段长度小于200bp时,建议您优先选择克隆到载体中测序。
配对|载体、位点是关键
通用引物只与载体相关,不受目的片段限制。测序时,不同载体需选择不同的通用引物。
某个载体该选用什么通用引物,可以通过金唯智公司官网上“服务资源”中的“金唯智免费通用引物”或者登录金唯智在线订单系统中的“通用引物选择工具”进行查询。
几种常见载体所使用的通用引物
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除了载体,引物结合位点对通用引物的选择也有很大影响。由于Sanger测序法的局限性,通常刚开始的50bp-100bp测序不太稳定,通用引物不能距离克隆位点太近(建议大于50bp),否则有可能会导致部分目的片段测不出来。因此,T载体(pMD
18-T载体)的测序通常选择正向引物M13F(-47)和反向引物M13R(-48)而不建议选择M13F和M13R。
图示:M13F和M13R虽然在T载体克隆位点两端也有结合位点,但是距离多克隆位点太近(约30bp),因此对T载体测序通常会选择距离克隆位点约50bp的正向引物M13F(-47)和距离克隆位点约60bp的反向引物M13R(-48)。