圣地亚哥市设有多处军事基地，以美国海军、美国海军陆战队和美国海岸防卫队为主。目前有两艘航空母舰，即尼米兹号(CVN-68)和雷纳德·里根号(CVN-76)，数艘核潜艇，和一些其他军舰的母港。海军陆战队在此设有全美仅存两处之一的新兵训练中心。圣迭戈为美国海军飞行的诞生处。数艘美国海军的军舰为纪念这个城市而命名，如圣迭戈号两栖船坞运输舰（USSSanDiegoLPD-22）为一艘圣安东尼奥级的两栖船坞舰。