加载中…系统发育树构建的三种方法
(2016-07-06 22:35:12)
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365mega6系统发育树邻接法最大简约法 |
•系统发育树也称系统进化树(phylogenetic
•系统发育树主要是它的拓扑结构和分支长度。
•根据拓扑结构的不同系统发育树可以分为有根树和无根树。
有根树有一个根节点，代表所有其它节点的共同祖先，从根节点只有唯一路径经进化到达其他任何节点；
无根树只表明了节点之间的关系，没有进化方向，但是通过引入外群（outgroup）或外部参考物种可以在无根树中指派根节点。
系统发育树构建的一般过程：
1. 使用MEGA6根据细菌的16s rRNA基因或者真菌的18s
rRNA基因的构建方法
为何要建系统发育树？就是要把你的目的微生物与其它微生物间的亲缘关系，用系统发育树直观的表示出来。下面是具体的步骤：
首先准备你将要建树的序列，可以将你的序列在NCBI上进行Blast查找出相近的序列，下载下来，可以都放到一个Text文件中（都是fasta格式）。（以下是具体步骤，黑体为软件选项）
打开MEGA6——Align——Edit/Build
Alignment——Creat a new
Alignment——DNA（若是蛋白质则选择Protein）（这就打开了一个序列比对的新窗口）——Edit——Insert
sequence from file（选择你已经存储序列的文件）——Alignment——Alignment by
ClustalW（参数不需多改，直接点击OK）——等待比对（比对结果相同的碱基会在同一列上）——data——Phylogenetic
Analysis（然后就可以回到主界面进行系统发育树的构建）——Phylogeny（可以选择构建树的方法，一般是邻接法neighbor-joining和最大简约法maximum
parsimony）——Construct
neighbor-Join（这里选择构建邻接树，会出现一个窗口）——在Test of phylogeny 选择Bootstrap
method 并设定其值为1000——compute——这样树就建好了，在树的生成界面可以对其形状大小等进行调节。
附一个我建的树：
http://s10/mw690/002UGHMRzy7333f6NTzd9&690
菌DR1为树的根，节点的值为bootstrap value（设定的值为1000，则说明对所建的树进行了1000次检测，若节点的值为77，说明1000次检测中，有770次都是这个分支，一般75以上才比较可靠）。
菌DR1为树的根，节点的值为bootstrap value（设定的值为1000，则说明对所建的树进行了1000次检测，若节点的值为77，说明1000次检测中，有770次都是这个分支，一般75以上才比较可靠）。
下面再加一点邻接树和最大简约法的相关知识：
•最大简约法首先是由Camin&
Sokal（ 1965）提出来的，经过 Hein（ 1990，1993）的研究发展使得用最大简约法来建立进化树得到极大的发展及应用。
•最大简约法是基于奥卡姆剃刀原则 （
Occam‘s
razor）而发展起来的一种进化树重构的方法，即突变越少的进化关系就越有可能是物种之间的真实的进化关系，系统发生突变越少得到的系统发生结论就越可信。
2.全基因组建树CVTree3.0的使用和原理
3.Linux系统下系统发育树的构建
额，太晚啦，后两个有空再写吧http://www/uc/myshow/blog/misc/gif/E___6724EN00SIGG.gif，希望对大家有帮助。
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