轨道交通运营线路的命名主要包括序号命名法和地域命名法，及两者的结合。

（1）序号命名法：我国大多数城市采用序号命名法，即以序号命名为1号线、2号线......如不管上海是地铁和轻轨，一律命名为轨道交通X号线，目前已经运营的线路为1号线至14号线。（当然还有磁浮线1条）

（2）地域命名法：少数城市采用地域命名法，即以线路所经过的地区或者终点地名命名。如深圳地铁将原1号线到5号线分别命名为罗宝线、蛇口线、龙岗线、龙华线、环中线。香港地铁采用地域命名法，如东铁线、西铁线、港岛线、东涌线、迪士尼线等等。台北捷运（地铁）采用地域命名法，如板南线、新店线、中和线等。

（3）序号和地域相结合命名法：北京的市区地铁采用序号命名法，如：地铁1号线、2号线、3号线、4号线等；郊区地铁采用地域命名法，有机场线、亦庄线、大兴线、房山线、昌平线、西郊线；八通线则采用与铁路相同的命名法，以线路的起点和终点地名，即八王坟—通州。

此外，高雄捷运则采用车辆的颜色命名，有红、橘2条运营线路。