方法有两种：
①Tools for NIfTI (ANALYZE) MR image
这个Matlab程序包用于处理核磁共振图像，可以读取显示、保存、制作该图像。
具体如下：
help load_nii_img
>> [hdr,filetype,fileprefix,machine] = load_nii_hdr('output.hdr');
>> [img,hdr] = load_nii_img(hdr,filetype,fileprefix,machine);

cd ('F:\Tongren\liuzhaohui\')
nii = load_nii('talairach.nii');
idx  = find (nii.img==43);
nii.img(:) = 0;
nii.img(idx) = 1;
%tnii = make_nii(nii.img);
save_nii (nii,'43.nii');



②SPM方法：
help spm_read_vols
V = spm_vol_nifti('output.hdr')
[Y,XYZ] = spm_read_vols(V);