WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联，以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐15个样品以上的数据。现在测序价格越来越便宜，得到15个样品数据的成本很低，如果再结合样品性状数据进行模块基因与表型的关联分析，一定能给你的文章增色不少！如果自己手里没有数据，利用公开的数据挖掘分析也是不错的选择。

下面我们举一些利用WGCNA进行癌症或微生物研究的例子给大家拓展一下思路，点击最下方“阅读原文”可以进行WGCNA分析方法的学习。

TCGA表达数据的挖掘

先介绍两篇利用TCGA人类癌症数据库中的基因表达数据发表的文章，主要利用WGCNA的方法来筛选与癌症发生、发展相关的关键基因，从而发现区分不同癌症亚型的biomarker。看完文献可以说单单用了WGCNA的方法就发了篇paper：
文献1:眼中葡萄膜黑色素恶性瘤基因共表达网络分析

http://s12/mw690/002RiVfNzy7kGgDFpy34b&690

眼癌中共表达网络分析及关键biomarker查找

主要的分析思路其实就是WGCNA的分析思路：

http://s5/bmiddle/002RiVfNzy7kGgFaYgQc4&690分析套路

文献2:胃癌中miRNA共表达网络分析
也是一篇WGCNA分析的文章，只是换了换癌种以及分析的基因变成了miRNA，分析思路几乎与上篇文章一致。这里小编就不详细介绍了，有兴趣的可以查看原文；

http://s10/bmiddle/002RiVfNzy7kGgGykmRe9&690胃癌中共表达网络分析及关键biomarker查找

WGCNA构建微生物互作网络

下面的文章研究了531位芬兰男性肠道微生物与代谢综合征(Metabolic Syndrome)的关系，代谢综合征是指人体的蛋白质、脂肪、碳水化合物等物质发生代谢紊乱的病理状态，是一组复杂的代谢紊乱症候群，是导致糖尿病心脑血管疾病的危险因素。

http://s10/bmiddle/002RiVfNzy7kGgIipXb69&690

为找到哪些微生物与代谢综合征相关，作者首先先利用微生物OTU table做WGCNA分析构建微生物的相互作用网络，再利用病人的的临床数据——主要包括血液中血糖含量，胰岛素含量等代谢指标，做临床数据与微生物共表达模块间的相关性分析。最后得出结论，发现蓝色模块中的Tenericutes, Methanobrevibacter,and Christensenellaceae等物种与血液中的谷氨酰胺指标正相关，另外，黄色模块中的Blautia物种与血液中的醋酸负相关等等，从而找到与疾病相关的微生物种类biomarker。

http://s12/bmiddle/002RiVfNzy7kGgKvlG3eb&690

学过我们《WGCNA视频》课程的同学们，可以借鉴这几篇文献的方法，快速的把新技能应用到自己的数据分析当中。

参考文献

老是提示输入非法字符，到我们公众号阅读原文查看文献吧。

---

延伸阅读
转录组后续实验|GFF文件说明|OTU网络图|微生物测序原理|肠道君|什么是OTU|GraPhlAn树状图

http://s1/bmiddle/002RiVfNzy7kGgUEyqca0&690