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加权基因共表达网络分析课程 WGCNA

(2018-02-07 15:35:10)
标签:

wgcna

生信

网络

分类: 课程

WGCNA(加权基因共表达网络分析)利用基因表达数据,构建出加权的基因共表达网络,从而挖掘协同表达的基因模块,探索基因模块与性状之间的关系。该课程主要介绍WGCNA分析原理和对应的分析代码编写操作演示,通过实际的操作过程学会WGCNA分析。

WGCNA 原理介绍

  • 关系矩阵介绍
  • 邻接矩阵介绍
  • TOM矩阵介绍
  • 如何设定阈值确定最佳共表达网络
  • 模块与样品性状联合分析
  • 基因共表达网络可视化
  • 基因共表达网络数据输出

WGCNA代码演示与讲解(上)

  • 相关数据、WGCNA R包安装、路径设置
  • 载入数据注意事项及相关分析
  • 构建基因网络并建立模块

WGCNA代码演示与讲解(下)

  • 模块与性状数据联合分析
  • 基因网络可视化
  • 基因网络数据输出

WGCNA代码要点与绘图

  • 总结代码要点
  • 利用Cytoscape绘制网络图


视频课程:WGCNA分析


WGCNA分析结果截图:

http://edu-image.nosdn.127.net/fb25bb80-cdd8-4838-b4f9-d9566ef4d937.png
http://edu-image.nosdn.127.net/b1fff58c-54ea-4457-abf4-a842564fee8c.png图注:WGCNA

 

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