标志的主题造型为代表医疗事业的十字造型──表明北京世纪坛医院的行业特征；

　十字中心隐含着日晷的形象──日晷是中国古老的计时工具，首先象征北京世纪坛医院的悠久历史。其次，日晷以迎向天空的晷针捕捉阳光来计算时间，标志正是利用日晷的这一独特特征来表明北京世纪坛医院运用先进和领先的医疗技术捕捉生命的光辉，维护人们生命健康的神圣使命，同时日晷又是中华世纪坛建设设计的起源，指明北京世纪坛医院的地理位置和名称特点；

　标志以蓝色代表广阔的蓝天──喻意北京世纪坛医院广阔的发展前景，蓝色又是纯洁和科技的颜色，体现出北京世纪坛医院高超的医疗技术水平和医护人员高尚的医德医风；

　标志中间的三条白线贯穿始终──象征着北京世纪坛医院始终追求的“技术”、“服务”、“管理”三大品牌，同时与白色线条相交错的四条蓝色条带又似铁路的复轨，表明北京世纪坛医院源远流长的铁路历史；

　标志的字母部分有世纪坛医院的英文首字母“SJTH”组成，在指明医院英文名称的同时，以简洁且深具国际化的设计风格展现出北京世纪坛医院作为一所大型现代化医院的风貌和气质。