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Primer3安装

(2013-09-27 20:31:58)

标签：

primer3

install

it

分类： bioinformatic

软件源

http://sourceforge.net/projects/primer3/files/?source=navbar

安装说明

http://primer3.sourceforge.net/primer3_manual.htm#installLinux


$ unzip primer3_1.1.4.tar.gz


$ tar xvf primer3_1.1.4.tar


$ cd primer3_1.1.4/src

# 如果系统不带 gcc, 则修改 makefile, 设置所使用的 C 编译器。


$ make all

# pr_release being unused 的警告提示可以不用理会
# 编译后应该可以看到 primer3_core, ntdpal, olgotm, long_seq_tm_test 这4个可执行程序


$ make test

# 没有显示 'FAILED' 则表明通过测试，可以安装


$ sudo cp primer3_core ntdpal olgotm long_seq_tm_test /usr/sbin

如果你的 perl 程序名字不是 perl 而是其他名称比如 perl5，则需要 link 一个 perl 名称，或者修改 test/ 目录里的 Makefile 文件以通过测试。 ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming ALignment) 是一个 stand-alone 程序，它给 primer3 提供比对功能，文档将在以后版本中添加。

Note

一些主流发行版例如 Ubuntu 等，有二进制包可以直接 apt-get install primer3 来安装。详细内容参见各发行版的软件安装和管理方法。(其实我就是用apt-get的方法安装的,并且bioperl是在软件中心直接装的)

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