朱由检在短短的十七年中执政期间，先后任用过50位内阁大学士，史称“崇祯五十相”，这不论是明代还是历朝历代都创下了最高纪录，六部和都察院也一样更换频繁，吏部尚书13人，户部尚书8人，礼部尚书11人，兵部尚书17人，刑部尚书16人，工部尚书13人，都察院左都御史13人，他们平均任职时间只有一年零二个半月，这十七年中，朝臣像走马灯似地你来我往交替更换，大明的江山在这种走马换将局面中走向风雨飘摇。

铲除魏氏阉党后，朱由检本来可以走向中兴之朝，但正是他多疑的心理疾病导致他一头又载进任用宦官的深沟，为后来太监势力抬头朋党之争大开方便之门。朱由检最早启用的太监是王应朝和邓希诏等监视关、宁、蓟镇兵粮及各边抚赏，又任命太监张彝宪总理户、工二部钱粮，唐文征提督京营戎政，王坤、刘文忠、刘允中等分赴宣府、大同、山西监视兵饷，张国元、王之心、邵希诏等分别派往关定、蓟镇东协、中协、西协监军，李茂厅监视陕西茶马等等，从此太监监军之风大开，职权在督抚之上。令人惊诧的是朱由检派内臣总理户、工二部钱粮，将堂堂的两部尚书搁置一旁，并下令为张彝宪专门建署，名曰户部总理，其权力与部督提督一样大小，这些宦官监军大多侵克军款，每战必先逃甚至投降，致使军务更坏军心不稳，在引发朝臣极力不满同时，进一步增加了君臣之间的不信任和相互猜忌。

面对内忧外患的局面，朱由检既没有静下心来与群臣一体协商平息李自成等农民起义，也没有理性思考与军政大臣商量出打击清军的御敌之策，相反朱由检则因他的心理疾病听风就是雨，朝令夕改，刚愎自用，甚至还中了皇太极的反间计，兵部尚书这个职位则成了生死宿命，不是被敌人所杀，就是被朱由检害死，17位兵部尚书，他亲自弄死十几个，下面列举一二可以领略一下朱由检的心理疾病。

王洽，山东临邑人，仪表颀伟，危坐堂上，吏民望之若神明，其廉能为一方最，既清廉又能干，后被朱由检任命为兵部尚书。王洽上任不到一年，皇太极率八旗军由大安口攻入京城，朱由检召集廷臣商讨对策，侍郎周延儒说：“当年蒙古俺答兵临北京城下，嘉靖帝下令将兵部尚书丁汝夔斩首，官兵震动，敌军撤退。”朱由检受周延儒暗示将王洽下狱，最后还要将王洽大辟处死。王洽上任不到一年，这次清军进城虽有责任，但却罪不致死，可见朱由检暴戾性格。

袁崇焕，广东东莞石碣人，镇守辽东边关得宁远大捷、宁锦大捷有功，遭魏忠贤陷害辞官回乡，朱由检重新启用袁崇焕，也是挂兵部尚书督师蓟辽，皇太极施反间计，制造了袁崇焕只守不攻是受了清军贿赂的谣言，通过被俘后释放回的太监传话，再收买袁崇焕得罪的人弹劾诬陷攻击，以动摇朱由检对袁崇焕的信任。这时朱由检多疑善变的心理疾病再一次发作，早把袁崇焕所说的“以臣之力，制全辽有余，调众口不足”、“谋敌之急，敌亦从而间之”这些话忘得一干二净，最后不顾群臣恳请而将袁崇焕凌迟处死。

陈新甲，四川长寿人，知晓边事，以才能著。明朝自弘治以后，非进士出身，不能官尚书。但形势危殆，诸大臣不愿任兵部尚书，陈新甲才获任此职。面对南北交困、内外危机的局势，朱由检开始秘密同皇太极进行议和，陈新甲受命遣使关外，负责这项工作，但朝廷官员不知。崇祯帝先后手写书信数十封，交陈新甲同皇太极联系，告诫他千万不能泄露。后因陈新甲家僮误传奏报文件，导致朝廷上下舆论哗然，朱由检恼羞成怒，说议和之事皆是陈新甲个人所为，与他没有任何关系，推卸了自己的责任，最后将陈新甲凌迟处死。

再看一位被敌人撂倒的兵部尚书，孙传庭，山西代县人，由永城知县，逐步升至兵部尚书，统领七省军务，先后参与并主持了数十次对李自成等人的镇压活动，一度使农民起义军濒临绝境，但朱由检听信主和派杨嗣昌的谗言，让孙传庭下狱三年，导致李自成等人死灰复燃。等到李自成围困开封时，朱由检又重新启用孙传庭，孙传庭刚出狱不明前线势态，表示只要五千精兵即可灭掉李自成，可到前线一看，没想到三年时间李自成的部队已成气候，孙传庭连忙给朝廷打报告要兵。朱由检听到孙传庭要兵立马翻脸，你说五千就五千多一个多不给，最后孙传庭在朱由检的急催之下，在瘟疫流行、粮草不足、兵员弹药缺少的情况下无奈草率出战，潼关一战身死，马革裹尸，时年51岁，史家都称“传庭死，而明亡矣。”但是事还没有完，这位刻薄寡恩的朱由检却认为孙传庭是诈死潜逃，没有给予赠荫，直到乾隆时期才给孙传庭平反追谥“忠靖”。