13级台阶，是日本死刑犯上绞刑架的台阶数量，而消失的13级台阶则是被宽宥的死刑犯。一个杀人犯即将被处以极刑，一个隐秘的人让律师聘请一个辞职检察官南乡来调查，要给这个冤枉的人一个清白。检察官邀请了因过失杀人判刑刚出狱的小伙子三上一起。他们调查了事情的经过，拜访了受害者、检察官、警察和为死刑犯辩护的人，最后发现了被山体塌方掩埋的寺庙，并找到了“凶器”。然而在凶器上却发现了三上的指纹，三上努力帮助洗清罪名却让自己背上了杀人嫌犯的罪名。三上躲进了那个被掩埋的寺庙，却意外发现了真正的凶器。这时那个三上过失杀了的年轻人的父亲拿着猎枪进入山洞，要杀了三上报仇；而在寺庙外，检察官南乡自卫中杀死了真正的杀人犯。原来，那个被杀害的人是一个当地保释犯人的督察，他利用职务之便讹诈曾经犯过罪的人，其中一个现在事业有成，却一直被威胁和敲诈，于是他起心杀了这个督察，并嫁祸给了别人。三上过失杀人只被判了两年徒刑，被害人的父亲心里不服，于是伪造了证据埋在塌方的寺庙里，并重金聘请检察官来调查，想用这个伪造的证据给三上定刑处死，以报杀子之仇。最终，检察官因为自卫杀人无罪，三上也撇清了自己的嫌疑，真正杀人犯已死，而那个父亲即将面临杀人未遂的指控。作者最后说：私刑的后果就是冤冤相报没完没了，现代的法律制度就是摒除私刑，由公正的第三方进行审判，处以适当的刑罚，既起到惩戒的作用，也保护了人的生命和社会的资源。即使处于本心觉得审批不公，惩处不够，然而也应该尊重法律。想来这就是文明吧，文明总是追求社会的整体利益。