教堂穹顶由米开朗基罗设计，最终由G. d. Porta完成于1590年。

穹顶由四个半圆拱和其下的四大立柱支撑。在穹顶和半圆拱之间，有四幅直径8.5米的圆形马赛克画，分别描绘四位福音传道者：身伴牛犊的马太、身伴狮子的马可、身伴天使的路加、以及身伴老鹰的约翰。这位就是路加。

大拱圆顶壁缘用马赛克镶嵌《马太福音》中耶稣的一段话：“你是彼得，我要把我的教会建造在这磐石上，阴*间的权*柄不能*胜过它，我要把天国的钥匙交给你，凡你在地上所捆*绑的，在天上也要捆*绑，凡你在地上所释*放的，在天上也要释*放。”

穹顶赏的镶嵌画里都是旧约圣经人物。

门廊墙上画《圣彼得像》他手上一金一银两把钥匙可以上天堂，这是耶稣回天国前交给他，下面的名字是教皇*克雷芒十世，这幅画的寓*意*是圣彼得将上天堂的钥匙交给了教皇。

主显圣容祭坛

变容祭坛的马赛克镶嵌画是由弟子续成的拉斐尔临终画作《主显圣容》。马赛克画由6位艺术家经过9年努力，完成于1767年。

画面描绘耶稣悬浮于空中并散发光芒，先知摩西和伊利亚伴随身旁，三个弟子倒地惊叹的场景。

谎＊言＊惩＊罚＊祭坛  

Falsehood祭坛的主画《Pomarancio》描绘基督教早期信徒Ananias与其妻Saphira分别在教众社团奉献全部收入时有部分隐瞒，被圣彼得指斥向神撒*谎，随即先后倒*毙的场景。油画原作由C. Roncalli作于1604年，马赛克摹品完成于1727年。

圣心祭坛

与亚历山大7世纪念碑相对而立的圣心祭坛，由Carlo Muccioli作于圣女玛格丽特被册封的1923年。

圣女玛格丽特倡议崇拜耶稣基督的圣心，祭坛主画描绘耶稣于1675年在法国修女玛格丽特前显圣的场景。

圣约瑟夫祭坛  

圣约瑟夫是圣母的世俗丈夫，祭坛建于教宗约翰23世在位的1963年。教堂的日常弥撒通常在此举行，弥撒时间为每天五次。

祭坛两侧的圆形马赛克画像为耶稣12门徒中的圣西蒙和圣犹达（Jude Thaddeus，或译为圣裘德，又名达太，并非出＊卖耶稣的加略人犹大即Judas Iscariot）。祭坛下的中世纪石棺内收殓着这两位使徒的遗骨。

塞巴斯蒂安经堂   

经堂中央为塞巴斯蒂安祭坛，左右两侧为两位20世纪教宗庇护12世和庇护11世的纪念碑。

塞巴斯蒂安祭坛主画《圣塞巴斯蒂亚诺殉难》为Domenichino于1631年所作油画在18世纪中叶的马赛克摹品。St. Sebastian原为罗马禁*卫*军成员，他坚持基督教信＊仰，在被箭射未死后还面斥罗马皇帝戴克里先，最后被棒＊殴＊致＊死*并投入罗马下水道。

塞巴斯蒂安祭坛下葬有2011年移来的教宗约翰‧保罗二世的灵柩，原在此处的教皇英诺森六世灵柩被移至主显圣容祭坛下。

圣大格里高利祭坛     

圣大格里高利曾是第二位被尊称“伟大”的教皇。祭坛主画《圣格里高利的神迹》描绘圣者展示染着殉＊道＊者＊血＊迹的布片，以神迹激＊励信＊众忠诚于基督。油画原作由A. Sacchi作于1625年，马赛克摹品由 A. Cocchi 和 V. Castellini 完成于1772年。