盐城丹顶鹤保护区是珍禽丹顶鹤等水鸟的重要越冬地和候鸟的重要驿站，丹顶鹤越冬数量多达600只左右，是我国最大的丹顶鹤越冬地。其他珍贵、濒危鸟类还有国家I级保护动物白鹳、黑鹳、金雕、白肩雕、白尾海雕、丹顶鹤、白鹤、白头鹤、大鸨、遗鸥;国家II级保护动物黑脸琵鹭、灰鹤、小青脚鹬等67种。