in the end意思是 终于,最后.是一个句子成分，修饰整个句子

如：In the end, it was more than he could bear(最后，他再也忍不住了）

by the end of ...意为:到......为止(常与完成时态连用。但不一定非要将来的完成不可,还可和过去完成时、现在完成时连用)

at the end (of...可省略)在(...的)未端:在(...后期)

如：By the end of this year, they will have finished work on the new stadium(在今年年底工人们很把路铺好）

注：have+过去分词表将来完成时

by表示在某时之前，并不晚于某时的任何时间。只能与时间点的名词或词组连用。在肯定与否定句中有区别

I will have left by Monday到星期一我将离开（星期一之前的任何时间）

I will not have left by Monday 我星期一之前不会离开的。（我星期一还在这）