私募投资基金利润分配的另一基本模式是按项目分配(Deal-by-Deal)模式，指该基金每退出一个投资项目会就该项目的投资收益在GP和LP之间进行分配。这种分配模式较本金优先返还模式(All Capital First) 来说，对基金经理更为有利。美国的投资基金多数使用按项目分配的模式，所以这种模式又俗称American Waterfall（相对于本金优先返还模式的European Waterfall 而言）。然而，随着近年来市场环境的恶化，这种收益分配模式受到不少挑战。美国机构投资人协会（Institutional Limited Partners Association，简称ILPA）发布的私募股权投资原则(Private Equity Principals)中认为最佳的基金利润分配模式是本金优先返还模式。这一原则为机构投资人在与GP的谈判中提供了强有力的依据。此外，由于市场环境的原因，基金募资越来越艰难，基金经理在面对机构投资人的时候，谈判能力(Bargaining Power)大不如前，在很多经济条款上，包括基金收益分配模式上不得不听取LP的意见。

按项目分配模式有不同的做法。严格的按项目分配模式是GP单独核算各个项目的利润和亏损。一旦LP收回某一个项目的出资和优先回报后，GP就可以收取提成收入。假设基金同时投资５个项目，当一个项目出现收益后，GP即可收取提成收入，无论其他项目是否亏损。在这种模式下，GP会失去处置亏损项目的动机。

另一种较为常见的按项目分配模式是计算基金所有已实现的盈利(realized profits)和亏损(realized losses)。这一模式下，基金的收益首先用以偿还LP在所有已经退出的项目(realized investments)中的出资和优先回报，如果有某项目出现亏损，则下一个盈利项目需要首先填补这个亏损，再去计算可能有的优先回报和GP的提成收入。

相对于本金优先返还模式来说，按项目分配模式对于GP的优势是显而易见的，GP将会较早获得提成收入(Carried Interest)。然而，视基金各投资项目的盈亏程度而定，这种方式有可能使GP获得比约定的提成收入比例更多的提成收入，因此在基金解散时需要计算基金全部项目的总体利润，以判断GP实际收取的提成收入是否超过其应得的提成收入。对于投资人来说，按项目分配模式的风险在于GP可能不愿意，或者处于种种原因不能够向　基金返还这部分额外的提成收入。投资人在基金法律文件中可以运用GP回拨机制(GP Clawback)令GP向基金返还这部分额外的提成收入。回拨机制较为复杂，而且通常结合预存账户(escrow accounts) 和基金经理个人连带担保(back-to-back guarantee )一起运用，这部分内容会在另外的文章中加以解释。