加载中…vasp软件研究表面小分子的吸附解离遇到几个问题
(2012-10-30 20:13:48)
标签：
杂谈 |
分类： Vasp |
To Vasper：
你们好。我用vasp软件研究表面小分子的吸附解离遇到几个问题。
1
关于反应物和产物的结构，请问你们是如何构建的？（参考文献吗？）能不能介绍一下相关的经验，个人认为好的开端是成功的一半，所以需要更多的经验帮助。
2
关于结构的优化，能量收敛和力收敛的标准是否应该比默认值高，有利于过渡态的搜寻？
3
关于结构虚频的处理，通过学习了解了消除虚频的方法--将对应原子的坐标加到原坐标上。由于vasp的振动模式不能可视化，所以请问如何找到对应的原子？另外关于虚频，大家是如何处理的呢。
4 关于images的问题，最近利用脚本产生了2、4的POSCAR的文件，发现只有2的能跑起来，我的服务器是4个核的。看别人发的贴：指定4个cpu同时计算，应该是1个cpu一个image
。为什么我设置4个image跑不起来呢？？
1.实验＋经验＋运气
2.开始的时候可以较小，然后验证时再做精确点的计算
4.VASP中和我个人的感觉是最后用1个image，收敛快而且可靠点，太多很难受的
2.开始的时候可以较小，然后验证时再做精确点的计算
4.VASP中和我个人的感觉是最后用1个image，收敛快而且可靠点，太多很难受的
我是新手，分享一下体会吧。不妥的地方请虫友斧正之。
1.据说现在流行的过渡态算法多用CINEB，vasp自带的NEB也可以，但是镜像受力优化和势垒精确度以及收敛速度略逊于CINEB，lz可以google到其官方网站了解。初始和终了的结构是局部能量最低的构型（vasp做弛豫收敛的构型），至于lz所关心的是从具体结构之间的过渡的化，一是猜测，二是文献吧。基本出发点是能量趋向降低的构型。
2.DFT理论计算能量可能更准确，对力的计算由于是对能量再求导，涉及数值算法原因可能不准，所以收敛标准基本采用默认即可，有时适当提高（一个量级以内）也是可以的。在合理的精度范围内讨论出合理的结果就达到目的了，这是师兄告我的。基本上收敛精度高于默认值去跑的话，那就god bless you了。
3.虚频没有关注过。只知道在鞍点位置才应该有一个虚频，属于鞍点具有的特性吧。为何要消除呢？根据这个好像才能按速率理论算出反应率的吧，这个我没有经验。只关注过势垒。
4.image数量越多，相互之间受力需要同时满足收敛准则，速度肯定会降低，但是这样找到的能量最低路径也会与实际更加符合。没错，每个image事实上是需要相当于单独计算的构型的cpu的数目的，所以4个核的话，平均一个image一个cpu，实在是不一定跑得动。如果体系原子数较多，k点网格较密，能量截断值再一高，估计经过很久才可能有结果。
祝你好运。
1.据说现在流行的过渡态算法多用CINEB，vasp自带的NEB也可以，但是镜像受力优化和势垒精确度以及收敛速度略逊于CINEB，lz可以google到其官方网站了解。初始和终了的结构是局部能量最低的构型（vasp做弛豫收敛的构型），至于lz所关心的是从具体结构之间的过渡的化，一是猜测，二是文献吧。基本出发点是能量趋向降低的构型。
2.DFT理论计算能量可能更准确，对力的计算由于是对能量再求导，涉及数值算法原因可能不准，所以收敛标准基本采用默认即可，有时适当提高（一个量级以内）也是可以的。在合理的精度范围内讨论出合理的结果就达到目的了，这是师兄告我的。基本上收敛精度高于默认值去跑的话，那就god bless you了。
3.虚频没有关注过。只知道在鞍点位置才应该有一个虚频，属于鞍点具有的特性吧。为何要消除呢？根据这个好像才能按速率理论算出反应率的吧，这个我没有经验。只关注过势垒。
4.image数量越多，相互之间受力需要同时满足收敛准则，速度肯定会降低，但是这样找到的能量最低路径也会与实际更加符合。没错，每个image事实上是需要相当于单独计算的构型的cpu的数目的，所以4个核的话，平均一个image一个cpu，实在是不一定跑得动。如果体系原子数较多，k点网格较密，能量截断值再一高，估计经过很久才可能有结果。
祝你好运。
Originally posted by peng.029 at 2010-12-13 2116:
我是新手，分享一下体会吧。不妥的地方请虫友斧正之。
1.据说现在流行的过渡态算法多用CINEB，vasp自带的NEB也可以，但是镜像受力优化和势垒精确度以及收敛速度略逊于CINEB，lz可以google到其官方网站了解。初始 ...
非常感谢您的回帖。关于第二个问题，我已基本了解。谢谢。关于第一个我想我应该对初始结构做很多猜测（当然向一楼说的实验+经验+运气 我是新手，分享一下体会吧。不妥的地方请虫友斧正之。
1.据说现在流行的过渡态算法多用CINEB，vasp自带的NEB也可以，但是镜像受力优化和势垒精确度以及收敛速度略逊于CINEB，lz可以google到其官方网站了解。初始 ...
Originally posted by bingmou at 2010-12-13 2150:
1.实验＋经验＋运气
2.开始的时候可以较小，然后验证时再做精确点的计算
4.VASP中和我个人的感觉是最后用1个image，收敛快而且可靠点，太多很难受的
你好！非常感谢您的回帖。关于第一个问题我想只有借助于文献和尝试了。第二个问题请问精确点的计算从哪几方面着手，首先在优化结构时，截断能我已经取的很大，由于是分子，K点只能取Gamma点，关于你说的精确点是不是提高收敛标准呢？但是二楼给我的经验是最好采用默认值，实在想提高精度，最好控制在一个量级内。关于第四个问题，我对您说的是这样理解的。开始的时候用大于一个的images，最后用一个image。关于这个我不是很明白。在TST
tools看CNEB的原理时取得是8个images，当然images越多，需要的计算资源越大。别人的经验告诉我images最好取4--8个。关于您说的最后用一个image是什么意思呢，我个人认为在搜索TS的时候优化的是IMAGES的构型，初始的和产物的构型没有改变。请问您的最后是在什么的基础上进行的呢？
可能我说的有错误之处，请指教！谢谢1.实验＋经验＋运气
2.开始的时候可以较小，然后验证时再做精确点的计算
4.VASP中和我个人的感觉是最后用1个image，收敛快而且可靠点，太多很难受的
Originally posted by 04nylxb at 2010-12-14 0958:
k点取gamma点太少了
我的是分子放在超晶胞中的计算，文献中也用的是Gamma点。k点取gamma点太少了
Originally posted by piaoxue001 at 2010-12-14 0916:
你好！非常感谢您的回帖。关于第一个问题我想只有借助于文献和尝试了。第二个问题请问精确点的计算从哪几方面着手，首先在优化结构时，截断能我已经取的很大，由于是分子，K点只能取Gamma点，关于你说的精确点是 ...
我打错了。应该是最好1个image，然后在这个image和节点之间再插入image，逐步细化，而不是一步到位，这样比较可控，不会因为无法收敛而浪费很多的计算时间，而且如果不放心，最后可以做一个验证。你好！非常感谢您的回帖。关于第一个问题我想只有借助于文献和尝试了。第二个问题请问精确点的计算从哪几方面着手，首先在优化结构时，截断能我已经取的很大，由于是分子，K点只能取Gamma点，关于你说的精确点是 ...
Originally posted by bingmou at 2010-12-14 0917:
我打错了。应该是最好1个image，然后在这个image和节点之间再插入image，逐步细化，而不是一步到位，这样比较可控，不会因为无法收敛而浪费很多的计算时间，而且如果不放心，最后可以做一个验证。
噢 非常感谢，我明白你的方法了，谢谢。我打错了。应该是最好1个image，然后在这个image和节点之间再插入image，逐步细化，而不是一步到位，这样比较可控，不会因为无法收敛而浪费很多的计算时间，而且如果不放心，最后可以做一个验证。
Originally posted by piaoxue001 at 2010-12-14 0936:
我的是分子放在超晶胞中的计算，文献中也用的是Gamma点。
呵呵，我以为你是算吸附的时候用gamma……我的是分子放在超晶胞中的计算，文献中也用的是Gamma点。
Originally posted by bingmou at 2010-12-14 0917:
我打错了。应该是最好1个image，然后在这个image和节点之间再插入image，逐步细化，而不是一步到位，这样比较可控，不会因为无法收敛而浪费很多的计算时间，而且如果不放心，最后可以做一个验证。
是呀，image取多了相当难受，收敛很慢，试试这个连续1个image的方法。多谢！我打错了。应该是最好1个image，然后在这个image和节点之间再插入image，逐步细化，而不是一步到位，这样比较可控，不会因为无法收敛而浪费很多的计算时间，而且如果不放心，最后可以做一个验证。
Originally posted by 04nylxb at 2010-12-14 1453:
呵呵，我以为你是算吸附的时候用gamma……
是啊，算吸附的时候也是用Gamma点。我的所用的体系也是个分子。呵呵，我以为你是算吸附的时候用gamma……
Originally posted by piaoxue001 at 2010-12-14 2105:
是啊，算吸附的时候也是用Gamma点。我的所用的体系也是个分子。
在表面吸附怎么可以用gamma点呢？一个k点，根本就没有任何意义的。是啊，算吸附的时候也是用Gamma点。我的所用的体系也是个分子。
建议你增加k点密度，从4*4*1到6*6*1之间，最好你作个收敛性测试。
Originally posted by lgxyz at 2010-12-14 1504:
是呀，image取多了相当难受，收敛很慢，试试这个连续1个image的方法。多谢！
请问这样如何决定哪个image是TS呢? 请问你数据是怎么处理的？是呀，image取多了相当难受，收敛很慢，试试这个连续1个image的方法。多谢！
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