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Bioconductor之旅

(2013-07-24 10:20:50)
标签:

bioconductor

cel

基因芯片

教育

分类: R

    #之前从未碰到过内存不足的情况,除了有一次SAS程序意外(自己写出了死循环),现在使用R/Bioconductor读入一套基因芯片数据,R给出warning info,提示“无法分配内存为239M的矢量”,使用gc()命令后仍然警告,然后重启R。

    #过程是这样的:

    >library(affy);#加载affy包,开始读入数据;

    >affbatch <- ReadAffy(celfile.path = "*******_RAW");#读入指定路径的cel文件;

    >AffyExpData<-expresso(affbatch,widget=T)#弹出expresso的算法选择对话框,计算基因表达数据;
    #也就是在上面这步,计算基因表达数据的时候,再次弹出如下警告:

    #############################################################################

    Loading required package: tkWidgets
    Loading required package: widgetTools
    Loading required package: tcltk
    载入Tcl/Tk接口... 完成
    Loading required package: DynDoc
    Loading required package: tools
    background correction: mas 
    normalization: quantiles
    PM/MM correction : pmonly
    expression values: liwong
    background correcting...Loading required package: AnnotationDbi

    错误: 无法分配大小为232.1 Mb的矢量
    此外: 警告信息:
    package ‘AnnotationDbi’ was built under R version 2.15.3 ”

    ############################################################################################

    看来只能转战高性能了,其实我现在读入的cel文件也不是下载数据的全部cel,只是从中选择了60个cel(30control+30case)仍然以这种情况卡壳,心里纠结呀~~~

    高级用户权限呀,赋予我力量吧!:-)

    再接再厉~~~

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