#之前从未碰到过内存不足的情况,除了有一次SAS程序意外(自己写出了死循环),现在使用R/Bioconductor读入一套基因芯片数据,R给出warning info,提示“无法分配内存为239M的矢量”,使用gc()命令后仍然警告,然后重启R。
#过程是这样的:
>library(affy);#加载affy包,开始读入数据;
>affbatch <- ReadAffy(celfile.path =
"*******_RAW");#读入指定路径的cel文件;
>AffyExpData<-expresso(affbatch,widget=T)#弹出expresso的算法选择对话框,计算基因表达数据;
#也就是在上面这步,计算基因表达数据的时候,再次弹出如下警告:
#############################################################################
Loading
required package: tkWidgets
Loading
required package: widgetTools
Loading
required package: tcltk
载入Tcl/Tk接口... 完成
Loading
required package: DynDoc
Loading
required package: tools
background
correction: mas
normalization:
quantiles
PM/MM
correction : pmonly
expression
values: liwong
background
correcting...Loading required package: AnnotationDbi
错误: 无法分配大小为232.1 Mb的矢量
此外: 警告信息:
package
‘AnnotationDbi’ was built under R version 2.15.3 ”
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看来只能转战高性能了,其实我现在读入的cel文件也不是下载数据的全部cel,只是从中选择了60个cel(30control+30case)仍然以这种情况卡壳,心里纠结呀~~~
高级用户权限呀,赋予我力量吧!:-)
再接再厉~~~
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