巢式病例对照研究：1973年美国流行病学家Mantel提出综合式病例对照研究设计，1982年正式提出此研究设计，也称套叠式或嵌入式病例对照研究，或队列内病例对照研究。

设计原理：根据一定的条件确定某一人群作为研究队列，收集队列内每个成员的相关信息和生物标本，随访一段预定的时间，以队列中随访期内发生研究疾病的全部病例作为病例组，再根据病例发病时间，在研究队列的非病例中按年龄、性别、住址、民族等（危险集抽样）为每个病例随机配一个或多个对照组成对照组，然后抽取已收集到的两组成员相关信息和生物标本做必要的统计分析[参三峡大学医学院余立萍等《浅析巢式病例对照研究的原理和应用》]。

病例-队列研究：Prentice RL于1986年提出一种设计方法，主要是为了针对队列研究设计中只能得到少量病例，多数截尾的现象。病例队列研究也是将队列设计和病例对照研究设计相结合的一种设计方法。

设计原理：首先确定队列（全队列），然后再该队列中用随机的方法抽取一个样本（子队列）作为对照组，再收集全队列中所有的研究疾病的病例作为病例组，最后按照病例对照研究的统计方法进行统计分析[参安徽医科大陆伟之《病例队列研究的设计及分析》]。

病例-病例研究：也称单纯病例研究，Piegorseh等于1994年提出，此类研究其实质还是病例对照研究，设计思想及操作与病例对照研究神似，常应用于某种疾病不同亚型，或中间阶段，或基因型异同的研究设计，在此种研究设计中由于没有出现未患研究疾病的病例，故称为病例-病例研究。

病例交叉研究：传统流病主要研究长期暴露引发的慢性疾病，对于突发、急性类时间研究较少，Maclure于1991年提出病例交叉研究，这是一种用于研究短暂暴露对罕见急性时间的瞬间影响因素的流行病学方法；广泛应用于心脏病，伤害等突发性疾病或事件。

设计原理：选择发生某种急性事件的病例，分别调查事件发生时及事件发生前的暴露情况及程度，以判断暴露危险因子与某事件有无关联及关联程度的一种观察性研究方法[参安徽医科大胡以松之《病例交叉研究》]。