Linux下BLAST的使用方法_零度的沸腾1991

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Linux下BLAST的使用方法

(2013-12-03 22:42:46)

分类： Linux

Linux下BLAST的使用方法

1. 开通服务器帐号；

2. 安装两个软件 winscp和putty.

3. 用winscp登录，如下图

4. 登陆上去，如下图：左面是你的电脑，右面是服务器

现将BLAST的压缩包上传，并解压缩（命令：tar zxvf blast2.2.20.tar.gz）

进入blast/bin目录(命令：cd blast/bin)

将要查询的fasta格式序列（比如：unigene数据），和数据库文件（比如：基因组数据）上传到服务器上，从左向右拖拽即可。（注意：查询文件和数据库文件都要求是fasta格式）

5.点击下图位置进入putty，

输入用户名密码后，就到了用户名当前目录下，利用cd进入到bin目录下

如果不知道自己在哪，可以敲ls，查看当前目录下的文件。具体参考linux常见shell命令

6. 敲ls，确定刚才上传的两个文件，（比如unigene.fa和genome.fa）在当前目录下。

7. 两个命令完成blast：

7.1 为数据库建立索引，命令为

./formatdb -i genome.fa -p F （敲回车）

注意：-i 后面跟数据库文件名

如果是dna/rna文件要敲-p F；如果是蛋白文件，敲-p T

7.2 对数据库搜索，命令为

./blastall -p blastn -i unigene.fa -d genome.fa -o output.txt -m 8 -e 1e-10

注意：-p blastn是说对DNA数据库搜索DNA，如果对蛋白搜索蛋白用-p blastp等

-i 后面跟查询文件的名字

-d 后面跟数据库文件的名字

-o 后面跟输出文件的名字

-m 8 是以表格形式输出，如果不写-m 8则以常见的配对格式输出

-e 后面跟E-value的限制，越大输出结果越多，越不严格。

运行结束后，刷新winscp服务器端，应该有一个新的文件output.txt，下载下来查看即可(从右向左拖拽)

BTW：如果要在nr中BLAST，时间会非常长。我已建好索引，直接联系我即可，就不用7.1那步了。

任何一步有问题可以联系我。

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