卫斯理的好朋友在埃及做水利工程的工程师王俊给卫斯理寄来了一个古黄铜箱子，说是在搬迁埃及一个古庙时得到的，需要组合箱子上一副画才打开，请卫斯理打开。卫斯理交个了王俊的弟弟数学家王彦。王彦打开了箱子，却被箱子中的一个奇怪的矿石照射看不见肌肤只能看见骨骼，成了骷髅人。王彦本想找卫斯理帮助，可由于恐怖心理，半途脱逃。卫斯理和王彦的女朋友燕芬在找寻王彦的过程中，燕芬被杀手组织擒获，意外下也成为骷髅人，而头号杀手勃拉克受照射时间长，连骨骼都看不到成了透明人。原来那个铜箱是古代印加帝国的遗物，印加帝国可能就是由于受到这个透明光的照射而都变为骷髅人和透明人而心理崩溃集体自杀的。而其中很少的人到达埃及，由于透明的被埃及人尊为看不见的神，并由埃及王为他们建造了一个金字塔，但后来自称索帕族的印加人还是找到了复原的方法了。卫斯理和杀手组织的头目罗蒙诺教授先后赴埃及找寻使骷髅人和透明人复原的方法。在其过程中，罗蒙诺杀死了索帕族最后一个人依格，卫斯理也杀了罗蒙诺报了仇。其后卫斯理在战胜了沙漠中部族最强刀手尤普多后获得帮助得以进入索帕族早已消失的金字塔里，虽然意外的也变成了透明人可终于找到复原的方法，也就是同一种能使人透明的矿石在金字塔内部真空状态下可以使人复原。卫斯理回去后照方抓药，给王彦和燕芬找了真空室用矿石照射，可结果却是场悲剧，不知什么原因，矿石变为灰烬，王彦两人也消失，不知是被高温消融了还是化为透明人不知所踪了。而杀手勃拉克也不能忍受透明人的状况而崩溃，自杀身亡。
   这个故事总的来说故事性还是比较精彩的，象恐怖心理的描写，和罗蒙诺的争夺，和尤普多的比武，可圈可点。《透明人》电影我们都过，感觉透明人神通广大，而其实对于透明人看不到自己的肌肤身体，那种惊愕、无助、害怕，羞耻、异类的心理却忽略了。还有既然光线能够透过人的身体，那么也就能透过眼睛，透明人的视力将几乎为零这一细节的描写，在电影里也是忽略的，而卫斯理在这一点细节的描写是很值得注意的，透明人的身体构造还是和人一样的构造，那么对其影响也必然纯在。
   其次印加帝国的灭亡，一般来说是由于西班牙的入侵，但区区几百人打败一个帝国也的确匪夷所思，也真的存在着神秘性，至于像故事中说的变为骷髅人和透明人而集体自杀这一说法也只能当故事，太缺乏根据了吧。