族谱是考察宗族实体的主要文字依据，是区分家族内外、亲疏系统的最具体和基本的方式。孔氏族人虽流寓到外县、外省，但仍能保持宗家一体的重要原因，除衍圣公府的优越地位，还有一系列构成维系宗族的要素，而家谱的续修则是重要环节，纂修家谱是收族的手段。

《孔子世家谱》原为手抄本，北宋元丰三年（公元1080年）孔子第46代孙孔宗翰感到抄本易散失,而且只记载承袭者,其余族中贤达显贵不能入谱,日久年深,难免湮没无闻,于是创修孔氏家谱,除嫡裔外,合纂支庶, 首次刻版印刷，刊装成帙,分藏族内。明孝宗弘治二年(1489),孔子第61世孙孔弘干重修家谱,并规定以后孔氏家谱60年一大修,30年一小修,大修以甲子年为期,小修以甲午年为期。清顺治十一年(1654),第66代衍圣公孔兴燮曾修甲午小谱。在此基础上,孔子第64代孙孔尚任应第67代衍圣公孔毓圻之请,主持续修孔氏家谱,并于康熙二十三年(1684)正式修成。孔尚任认为司马迁在《史记》中已经将孔子列入“世家”,也就是说已经承认孔氏享有诸侯待遇,因此孔氏家谱的名称应该有别于其他家谱,于是孔尚任改《孔氏族谱》为《孔子世家谱》。这是孔氏家谱第一次定名为世家谱,此后,《孔子世家谱》就成为孔氏家谱的固定名称。而在中国浩如烟海的私家谱牒中,称世家谱的也仅孔氏一门。康熙《孔子世家谱》是孔氏家谱中质量较高的一部,分24卷,共印100部,其中10部朱印,90部墨印。家谱记载了孔裔二十派六十户的繁衍情况,这也是第一次在谱中确认孔裔的二十派六十户。清乾隆九年(1744),71代衍圣公孔昭焕依例修谱,这也是孔氏家谱惟一的一次按照60年一大修的规定进行的修谱活动,全谱24卷,刊印120部。然而,该谱刊印30余年后,乾隆四十七年(1782),衍圣公府紧急颁布札令,将所有原本全数收回。原来当时适值谱禁高潮,清政府正在重点清查家谱中的僭妄、违碍字句,已经发生多起因家谱中用词或体例不当而遭地方官员举报的案例,孔府虽然地位尊贵,但也不敢无视当时的谱禁形势,于是便有了这次召回家谱的事件。家谱收回后,孔府删除了姓源和年表两卷,删节了大部分旧序和跋,精减了孔子事迹和历代名人事略,并修改了所谓的违碍、犯讳字句。改刊后的《孔子世家谱》为22卷,刊印165部。自四十六代衍圣公始已有九百多年，一千多年谱系不乱，使其宗族关系历变不衰。因此孔氏族谱的完整性在中国首屈一指，是中国史上最久也最完备的族谱。孔氏家谱有合谱和各地子裔撰修的支谱，逢甲子一大修，逢甲午一小修，宗旨是详世系、联疏亲、严昌紊、厚伦谊、序昭穆、备遗忘。
     孔氏族谱的行辈排名是按皇帝钦赐的字序。明建文帝赐孔氏五十六世至六十五世名派：希言公彦承 弘闻贞尚胤 其中五十七世以言部字为名，弘为避清高宗弘历名讳改为宏字，胤为避清圣祖皇太子名讳改为衍字。

崇祯二年(1629)，六十五世衍圣公孔胤植奏请皇帝恩准，又赐六十六世至七十五世的名派：兴毓传继广 昭宪庆繁祥
     清同治二年(1863)，七十五世衍圣公孔祥珂奏请皇帝恩准，再新赐七十六世至八十五世的名派：令德维垂佑 钦绍念显扬
     民国七年(1918)，七十六世衍圣公孔令贻又拟八十六世至一百零五世名派：建道敦安定 懋修肇彝常 裕文焕景瑞 永锡世绪昌 报请北洋政府内务部备案，民国八年核准颁布在全国实行。
    孔家族谱是区分内外孔的关键途径。（关于内孔和外孔本章已作了祥述）所以曲阜孔姓有的编入家谱，有的则没有，划分主要缘此。
    孔氏家谱条规和入谱资格限定森严，违者除籍。目的即纯正族裔，严禁“乞养异姓义子以乱宗支”。族谱规定：不孝不梯干犯名之人不准入谱，义子不准入谱，赘婿奉祀者不准入谱，再醮妇带来之子不准入谱，僧道不准人谱，流入下贱者不准人谱。
     同时由于孔家有社会和经济殊遇，修谱不仅为建立、巩固庞大的血缘关系，而且孔裔入谱更有荣耀和利益。因而族谱的续修验核严密，目的是在收族中防止冒充，限制享受优待者的数量，尤其是减免税收徭役方面。当然在这些权益随帝国解体而降值后，这一限制亦松动。另外，续修族谱中，凡“真孔”及申请入谱者均要承担捐款，否则亦不能入谱(因修谱都是集资)。
     孔家修谱先由衍圣公府制定、公布条规、凡例并榜示，具体由纂编馆(谱馆)续修，职司为鉴定、监修、提调、编次、掌收、校阅、誊录、督刊、收发、供应，各有专责。
     由于种种原因，历史上孔氏族谱只大修过四次，除在明朝天启年间、清朝康熙年间大修外，清代以来，大规模修谱有两次，一次是乾隆九年，一次是民国十七年至二十四年孔德成时，1937年所纂为民国最后一部孔氏族谱，全谱共分四集,108卷,计154册,堪称民间最大的谱书，收录近60万人。2005年英国吉尼斯世界记录有限公司在法兰克福宣布，中国的《孔子世家谱》以其延时之长、族系之明，纂辑之广、核查之实，体例之备、保存之全，被认定为目前世界上最长的家谱。

1987年9月，中国孔子基金会名誉会长谷牧和会长匡亚明提出要续修孔氏家谱，认为这是继承传统文化的问题。1992年，曲阜市请示了国务院台湾办公室、中央统战部，同意修谱。 应各方的要求并经和族人商议，80多岁的香港商界人士孔德墉开始承担起《孔子世家谱》第五次续修的重任。由于历朝历代修谱之事均有“衍圣公”主持，但身居台北的“末代衍圣公”孔德成年事已高且不便修谱，因此孔德墉于1996年9月底获准前往台北拜会堂哥。孔德成表示赞成修谱，但具体操作事宜由孔德墉代劳。1998年，孔德墉在香港注册了《孔子世家谱》续修工作协会，1998年6月，协会发表告族人书，正式开展调查登记工作。为方便认证调查工作，续谱办公室设在山东济南。并在世界各地建立了450多个续修机构，收集族人资料。此次修谱，韩国的孔氏后裔首次被收入家谱。而孔氏后裔如何远走韩国，则要追溯到700多年前。1349年，元顺帝将自己的公主嫁给留在中国做人质的高丽王子。第二年，高丽国王去世，元朝将高丽王子遣送回国登基即位。在陪同公主去高丽的队伍中，有一位翰林院大学士，姓孔，名昭。是为孔子第五十四代孙。

2007年10月孔子世家谱续修工作协会《孔子世家谱》编辑部主任孔德威说，截至目前，第五次续修新登记后裔人数已超过130多万人，最大为68代“传”字辈，最小的为83代“念”字辈。这个人数是根据缴纳入谱费人次计算得出的，由于已故孔氏族人可免去这一费用，因此并不包括在这一数字内，加上原民国谱中的近60万孔子后裔，新谱后裔总人数将超过200万。

历史上《孔子世家谱》历次续修均为官修，到孔德墉这次续修改为了民修，孔德墉在这次续新家谱的过程中，进行很多方面的“突破”。如不分性别、不分民族、不分国籍的“三不分”方针。民国时期续写的孔氏家谱是个创举，因为它首次收录了各地支谱，把家谱修成了“全国谱”，而这次孔德墉想更大胆一点，他想把孔氏家谱修成一部“全球谱”。 孔子海外后裔以韩国人最多，其次是美国、马来西亚、新加坡、瑞士等国。

 孔德墉表示，初步估计本次修编的家谱大概有5万页之多，每套大概有80余册。“除了出书外，所有数据将全部录入电脑，因此我们建立了一个很大的数据库。”在书的印刷和出版上，孔德墉和协会的负责人们也下了一番苦心。“光书的封面我们就设计了好几个版本，封面的题字是由宗主孔德成题写的，印刷用的纸也是特殊制作的，每张纸上都有水印，这样可以防止出现盗版。”