草缸的底沙厚度取决于种植的水草种类，也取决于底沙的材质。对于泥质底沙（包括ada底泥），一般以4cm-5cm为宜，如果选用了陶制圆粒沙，则要考虑5cm以上比较合适。对于黑金沙、石英砂等底沙则需要更厚的厚度，当然，这些砂质并不适宜栽种爬行类的水草种类。
那么为什么底沙的厚度不同呢？原因在于底沙的透气性在不同材质之间有很大的差异性，对于泥质底沙如果厚度过厚易造成烧根烂根，而陶制圆粒沙等圆球状沙，又因材质附着力较差，如没有足够厚度极易造成水草附着力较差。
另外不论是草缸还是鱼缸，底沙的最下部是厌氧菌生存区域，如果没有厌氧菌的存在，就无法使硝化菌分解后的硝化物转为无害的气体，也易导致硝酸盐的堆积影响水中鱼虾的健康，所以足够厚的底沙对维护草缸生态也十分重要。