蛋白质中的金属离子
(2014-03-03 19:38:12)
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离子通道金属蛋白质氨基酸识别 |
目前Swiss-prot 等蛋白质数据库PDB里的蛋白质,有三分之一的蛋白质需要与金属离子结合发挥功能。
比如血红蛋白和肌球蛋白都会结合Fe2+ 铁离子。
我认为蛋白质与金属离子的相互作用还存在其它形式,比如离子通道(钾,钠,钙)等蛋白的相互识别,还有某些蛋白对重金属离子的吸附作用等。
比如CPTEE (一个半胱氨酸,然后两个随机氨基酸,然后两个谷氨酸)这个序列可以吸附铅离子Pb (参考文献:Surface Display of Metal Fixation Motifs of Bacterial P1-Type ATPases Specifically Promotes Biosorption of Pb2+ by Saccharomyces cerevisiae)
而 TVGYG是钾离子通道的选择性氨基酸序列,识别钾离子。
GXXCXXC 可以转移铅,锌,镉。参考:The cysteine-rich amino-terminal domain of ZntA, a Pb(II)/Zn(II)/Cd(II)-translocating ATPase from Escherichia coli, is not essential for its function
参考:
Prediction of Metal Ion–Binding Sites in Proteins Using the Fragment Transformation Method
http://www.juit.ac.in/attachments/Metallopred/prediction.html
MetalMine: A database of transition metal-binding sites in proteins
Recognition of Metal Ion Binding
Proteins
在google搜索"P1-Type ATP